根据协同论理论,协调是指两个或两个以上系统或系统要素之间在组成、结构和变化上的对应变化关系,是系统之间或系统内部各要素之间比例得当、关系和谐、共同促进的互利互惠的态势。大理和丽江在注重传统农业经济的基础上,开发了生态旅游经济。作为当地经济的新增长点,并形成了以生态旅游带动附属产业发展的经济发展模式,但是某种程度上这种经济发展模式是以生态环境的破坏为代价的。因此,在构建和谐社会和建设社会主义新农村的背景下,区域农业生态系统的协调发展研究就提到日程上来。本论文以此为研究出发点,从生态经济学、系统协同学的角度研究丽江和大理两地区农业经济子系统、农业生态子系统和农业社会子系统之间的共存机制,研究的内容包括以下几个方面：1.应用熵权法和层次分析法构建评价指标体系,从生态、经济和社会子系统中共筛选出22个评价指标,将它们1999—2008年的十年数据代入建立的协调度及协调发展水平评价模型中,形成了大理和丽江各自的协调度发展趋势和协调发展水平发展趋势,探讨两个地区农业生态系统协调发展过程中存在的差异。2.建立多元线性回归模型,对影响因素进行相关性检验。农业生态系统的协调度作为自变量,生态、经济和社会三个子系统的协调度作为因变量,进行多元线性回归分析,在方差分析表中,三个自变量和因变量之间存在线性回归关系,丽江的经济子系统的协调度和农业生态系统的协调度相关性最大；对于大理而言,经济子系统、社会子系统、生态子系统和农业生态系统之间存在线性回归关系,大理生态子系统对农业生态系统相关性最大。因此本文得出的结论是,根据农业生态系统发展自身所具有客观规律,在制定综合平衡发展的政策时,就要充分考虑其规律,具体考虑时间、空间两个基本要素,即根据社会进步的阶段和具体的地域差异,因时因地确定相关适应的综合平衡发展的政策,既不能盲目照搬其他地区的发展模式,也不能把一套政策看成是长期不变的僵化标准。无论是经济社会发展,还是生态环境改善活动,要动态地把握经济社会发展策略或生态环境改善活动的实施效果,对一些方案和思路进行分析检验,在区域经济发展与生态建设、社会建设有机结合起来的基础上,根据各自存在的关键问题提出相适应的解决方案,走适合的有当地特色的农业生态系统协调发展之路。