农村饮水安全这一事件是关乎到农民切身利益问题的。所以政府为确保国家的农村饮水安全工程可以持续的长远发展,并可以进一步确保农民的长远利益,我国政府水利部在2015年的时候就出台了《关于进一步加强农田水利建设的指导意见》相关意见书,并且也进一步的呼吁了我国当地的一些地方机构以及一些地方各级政府采取必要措施应对农村饮用水的管理与保护安全项目。本文总结了过去农村饮水安全工作的经验教训,重点介绍了当前农村饮水安全工作的进展和存在的主要问题。根据文章可以看出农村饮水安全项目管理是十分必要以及紧迫的。本文以新疆墨玉县为研究对象开展研究,通过分析、实地调查,参考国内外农村饮水安全工程运行管理的理论和实践的相关资料,探讨农村饮水安全工程能够长效运行管理的对策。并在农村饮水安全工程实际运行的过程中对墨玉县管理所存在的问题进行分析,发现新疆墨玉县农村饮水安全工程在建成后期的维护与管理方面意识比较薄弱,重复建设问题较为严重,村民委员会参与度低,村民意识淡薄,各部门权责不明晰,缺乏专业人才,资金压力大等问题。从协同治理理论的角度来看,上述问题出现的原因在于协同治理理论缺乏实际应用,管理和保护主体的权责不清,政府包办一切,村委会参与不足,村民主体意识薄弱,且部门间协调不畅,市场参与不足。因此,加强协同治理理论的实际应用,可以实现优化农村饮水安全工程运行管理和保护的目的。由此结合实际,提出加强组织领导,确保责任落实到位,明确项目管理部门职责、强化村民委员会多元角色为核心、强化村民政治参与、强化政府统筹全局功能,明晰工程产权,建立协同应急管理体系、引入市场化管理方式等优化对策,形成系统优化方案。以期为我国农村饮水安全工程长期有效的运行提供一定的参考。