本论文以罗非鱼三个种共240个样品为试材，利用微卫星标记筛选可作为三种罗非鱼鉴定标准的特异位点，构建了代表三种罗非鱼品种种质的DNA指纹图谱，具体研究内容如下： 1、利用微卫星技术进行了三种罗非鱼的分子鉴定研究，通过参考GenBank和已报道的序列，挑选103个微卫星位点的引物，对奥利亚、尼罗和橙色莫桑比克罗鱼进行PCR扩增，获得具有稳定扩增产物的位点77个，筛选其中17个微卫星特异位点，用于三种罗非鱼的种质鉴定。 2、三种罗非鱼微卫星DNA指纹图谱的构建。我们应用扩增稳定、清晰的82个微卫星位点，对奥利亚、尼罗和橙色莫桑比克三种罗非鱼共240个体进行扩增分析，一共检测出605个等位基因，在相同迁移率位置上以1或0记录扩增片段的有或无，形成每个罗非鱼个体对应的指纹数码。采用数据库软件管理这些数码，形成三种罗非鱼的等位基因数据库，根据数据库中每个等位基因的大小，利用Excel作图工具构建了三种罗非鱼的DNA指纹模式图，用尽可能多的位点呈现出三种罗非鱼整体的遗传概貌。从图谱可明显看出尼罗罗非鱼的多态性水平最高，奥利亚和莫桑比克罗非鱼的多态性水平都较低。利用在奥利亚、尼罗和莫桑比克罗非鱼中具有独有条带的16对微卫星核心引物组合，产生了数字化的DNA指纹代码，用于三种罗非鱼及其杂交种的鉴定。 3、为方便处理和应用于实践，根据等位基因数据库为背景，运用Visual basic6.0，开发了基于Windows XP操作平台的鉴定软件——珠江水产研究所鱼类种质鉴定软件1.0(PRIFRIL0)。 4、运用38个微卫星标记对奥利亚、尼罗和橙色莫桑比克三种罗非鱼8个群体的遗传多样性和遗传分化进行了研究。对三种罗非鱼而言，尼罗罗非鱼的平均等位基因数(6.42)、平均观测杂合度(0.5263)、平均多态信息含量(0.3500)最高，橙色莫桑比克罗非鱼平均等位基因数(2.0789)、平均观察杂合度(0.3052)、平均多态信息含量(0.2644)最低。聚类分析显示，奥利亚与橙色莫桑比克罗非鱼的亲缘关系较近，这与前人结果一致。尼罗罗非鱼中高要、番禺和鹭业群体的遗传分化显著(Fst为0.1-0.8202)，相对而言奥利亚罗非鱼高要83系、高要02系、番禺和鹭业群体的遗传分化不显著(Fst为0-0.3918)，这些表明我国尼罗罗非鱼的遗传多样性较高，表明尼罗罗非鱼仍具有一定的选育潜力，奥利亚和橙色莫桑比克罗非鱼的遗传多样性相对较低。国内外目前对于这两种罗非鱼，则保持这些良种罗非鱼的遗传纯度，选择体质较好的个体进行杂交选育，产生雄性率高等具有明显杂交优势的杂种鱼进行养殖，如奥尼鱼、福寿鱼等。