【摘 要】
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水稻4号染色代体长臂108.1cM~114.0cM遗传区段位于染色体长臂下端,根据单位遗传距离对庆的物理距离对应的物理距离推算,该区段物理长为1.6Mb左右.我们在原有的一个重叠群的基
【机 构】
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中国科学院上海生物化学和细胞生物学研究所
【出 处】
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中国科学院上海生物化学研究所 中国科学院上海生物化学和细胞生物学研究所 中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学
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水稻4号染色代体长臂108.1cM~114.0cM遗传区段位于染色体长臂下端,根据单位遗传距离对庆的物理距离对应的物理距离推算,该区段物理长为1.6Mb左右.我们在原有的一个重叠群的基础上,利用末端延伸和分子遗传标记杂交的方法,构建了3个可测序的BAC克隆重叠群,分别为重叠群Ⅰ,重叠群Ⅱ和重叠群Ⅲ,估计他们的长度分别为620kb,430kb、250kb,约覆盖该区段的81﹪左右.该染色体区体内还有2个空缺.在构建可测序BAC重叠群的同时,我们利用鸟枪随机测序方法完成了3个重叠群中的大部分BAC克隆的序列测定,通过BAC克隆之间的序列组装,最后得到了3个连续的序列,长度分另为584Kb,323Kb,214Kb.我们利用各种软件,分析了3个连续序列内部可能的蛋白编码基因,转座因子,solo-LTR,微小倒转重复转座因子(MITE).我们总启示录现了159个编码蛋白的基因和2个tRNA基因;10种12个逆转座子和4个转座子;比较深入地分析了OsEFS基因簇所覆盖的基因组区段内的solo-LTR和MITE的分布.通过水稻绿苗cDNA文库的筛选,我们对重叠群Ⅰ中的一个540Kb连续序列进行了初步的转录情况的分析.对重叠群Ⅱ中的OsEFS基因簇和OsRLK基因簇的结构进行了比较深入的分析,并利和RT-PCR技术,检测了这2个基因簇中的大部分基因的转录子.我们以对两个solo-LTR的分析中,发现它们可能存在着转座的活性,这对于研究solo-LTR在基因组中的起源和功能是很有意义的.
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