红藻的传统分类学方法在很大程度上依赖于藻体的大小，颜色，质地，细胞结构及生殖结构等特征。然而，红藻的形态在种内和种间有高度的可变性，藻体的形态会随着环境条件的变化而发生一些相应的变化；生长在不同时期的藻体的形态也会有所不同，会造成鉴定结果的模糊性。因此，只有经验非常丰富的分类学家才能区分出一些相近的物种。本论文以从山东半岛采集的红藻为样品，利用形态学方法和DNA条形码技术对红藻进行了分类鉴定。2011年10月到2012年12月，在山东半岛潮间带地区总共采集了600株红藻样品。首先应用传统的形态学分类方法，通过观察藻体的外部形态，显微结构等，对比图鉴及查阅资料，鉴定出7目，16科，30属，35种不同的物种，另有一些未被准确鉴定出来的样品有20种物种只鉴定到目或科或属。在形态学鉴定基础上，应用DNA条形码技术对这些样品进行了分子鉴定，采用的三个分子标记分别为LSU(28S核糖体大亚基序列),UPA(23S rRNA基因片段，通用质体扩增区), COI（细胞色素C氧化酶亚基1）基因片段。共得到527条LSU基因片段，515条UPA基因片段和332条COI基因片段。LSU和UPA基因的扩增效率和测序效率明显大于COI基因的。经K2P法分析，LSU基因几乎没有种内变异度，种间变异度为0.002-0.160；UPA基因的种内变异度在0-0.003之间，种间变异度为0.011-0.123；COI基因的种内变异度0.002-0.008，种间变异度为0.144-0.238。表明三个基因中，LSU基因在三个基因中是最保守的，COI基因的变异度最大，种间遗传距离明显大于种内遗传距离，利用这三个分子标记作为条形码基因有力的辅助了红藻的分类鉴定，通过三个基因构建的NJ树，600份样品被分成了56个不同的物种，属于7目，20科，40属。除了LSU基因外，所有的样品在UPA和COI基因构建的系统发生树中都被区分开来。其中有三个样品（代表样品QDHQW20111124-R23），由于没有观察到他们的生殖结构特征，通过形态学方法没有被鉴定出来，但是在三个基因构建的NJ树中均被鉴定为卷枝异管藻（Heterosiphonia crispella），而在国内文献中均未有报道此物种在中国的分布，因此，这个物种在山东半岛地区可能是个隐藏种或外来入侵物种；此外，研究还发现日本异管藻（Heterosiphonia japonicai）的遗传距离更接近绒线藻属而不是异管藻属，国外也有相似研究结果，这还有待于进一步研究验证。研究结果表明UPA序列和COI序列对不同的红藻物种能进行明确的分类，由于LSU基因片段具有较高的保守性，所以它不适合用来区分亲缘关系相近的物种，但是可以在科或属的水平上用来区分红藻物种。COI基因片段的barcodinggap最明显，但是由于它的扩增效率和测序效率比较低，所以我们应当继续研究合适的COI引物。本研究推荐将UPA和COI基因片段作为红藻DNA barcoding鉴定的候选序列，同时在物种分类鉴定方面，形态学方法和分子鉴定方法应结合起来使用。