随着高等教育大众化时代的到来，地方高校承担着高等教育发展越来越重要的责任。在财政分权改革的影响下，高等教育按办学体制和隶属关系的不同，地方高校的教育经费主要有当地政府提供，财政投入是否合理直接影响到高校、学生、教师等的切身利益。高等教育财政经费在全国31个省、市、自治区的地方高校呈现出不同程度的短缺现象，影响到地方高校的全面发展。本文首先论证地方政府资助地方高校的必要性，强调地方高校在促进地方经济、社会发展以及推进高等教育系统完善方面的重要地位，分析了地方政府对地方高校进行财政投入的能力。其次，本文从数据出发，量化地方政府的财政投入与地方高校的贡献，并将其进行对比，直观展现全国各地区地方政府对地方高校财政投入的差异性。再次，结合回归分析和理论梳理，对全国各地地方高校财政投入差异的原因进行剖析。并根据差异原因结合美国、日本和英国的相关经验对我国地方政府财政投入提出合理的改善建议。通过研究发现，全国各地区地方政府对地方高校的财政投入不足且存在着差异，并且这种差异与GDP的相关性并不显著，而是与地区财政投入相关性较强。各省财政收入的多少以及政府责任的缺失是造成这种结果的主要原因。因此，应明确政府对地方高校的投资责任，在履行财政投入责任时注意地区的差异性并采取行之有效的活动，发挥竞争机制和监督机制的作用，为地方高校创造良性的发展环境。