【摘 要】
:
目的:运用WGCNA法在透明细胞癌中建立风险预测模型,判断患者的预后风险。同时运用该方法在非透明细胞癌中探究具有预后判断价值的靶点,并对其治疗意义做初步探究。方法:从TCGA官网和GEO数据库下载肾透明细胞癌、乳头状和嫌色细胞癌的m RNA测序数据和对应的临床资料,通过Limma法分析出差异表达基因(DEGs)。在TCGA数据库中,对DEGs进行WGCNA分析,获得共表达基因模块。选取与临床性状相
论文部分内容阅读
目的:运用WGCNA法在透明细胞癌中建立风险预测模型,判断患者的预后风险。同时运用该方法在非透明细胞癌中探究具有预后判断价值的靶点,并对其治疗意义做初步探究。方法:从TCGA官网和GEO数据库下载肾透明细胞癌、乳头状和嫌色细胞癌的m RNA测序数据和对应的临床资料,通过Limma法分析出差异表达基因(DEGs)。在TCGA数据库中,对DEGs进行WGCNA分析,获得共表达基因模块。选取与临床性状相关最高的模块作为关键模块,运用GS&MM&MCODE法在关键模块中筛选核心基因,再对核心基因进行生存分析和癌-癌旁表达验证,验证其可靠性。在透明细胞癌中,我们将经过验证的核心基因纳入LASSO回归分析,构建风险预测模型。并在建模组、内部验证组和外部验证组中,采用生存分析和ROC曲线来判断模型的预测效能。之后,我们选取模型中权重最大的基因,在透明细胞癌组织芯片中检测其表达情况。在乳头状肾癌中,我们在原代细胞株541上,采用si RNA文库逐个对核心基因的表达进行干扰,观察敲减核心基因对乳头状肾癌细胞增殖的抑制作用。结果:在透明细胞癌中,我们建立了一个4基因风险预测模型(FOXM1,NUF2,TOP2A,KIF18B)。该模型在建模组、内部和外部验证组中预测透明细胞癌3年生存率的准确性分别0.69、0.71和0.70。免疫组化结果示,TOP2A在癌组织中表达显著上调,且高表达与透明细胞癌预后不良相关。在乳头状细胞癌中,我们共得到了33个核心基因,敲减KIF20A、CDC20、NCAPH和NEIL3这4个核心基因的表达水平,可以显著抑制乳头状肾癌细胞的增殖。在嫌色细胞癌中,我们分析得到了3个核心基因:SKA1,ERCC6L和GTSE-1,它们均与嫌色细胞癌患者的预后显著相关。结论:4基因风险模型(FOXM1,NUF2,TOP2A,KIF18B)可以有效地预测透明细胞癌患者术后的整体生存率,其中,TOP2A可在临床上判断透明细胞癌的预后。KIF20A、CDC20、NCAPH和NEIL3这4个基因可作为乳头状肾癌潜在治疗靶点。
其他文献
目的:肺癌发病率和病死率均为排名第一位的恶性肿瘤。肺腺癌的发病率逐年升高,目前已经成为最主要的肺癌病理类型。影像学上磨玻璃样改变是肺腺癌典型的特征。随着胸部螺旋CT体检筛查的日益普及,肺结节,尤其是以磨玻璃为表现的肺结节检出率越来越高。阐明磨玻璃为表现的肺腺癌患者临床病理特征,基因情况及预后,对临床上判断肿瘤生物学行为,预测患者预后,早期干预提供了依据。本研究通过分析338例影像学上表现为磨玻璃样
【背景】肿瘤近红外光学成像对肿瘤的精确切除来说是一种非常重要的辅助方法,传统上,外科医生依赖于术中冰冻切片这类经验性方法来确定肿瘤组织侵犯的范围,这类检测方法不能实时、精准确定肿瘤边界范围,有时会切掉正常组织,从而导致正常功能失常;或者肿瘤组织有残余,从而导致肿瘤的复发。精确、实时地定位肿瘤的边界需要一种对肿瘤细胞有高敏感并具有良好的组织相容性的成像分子。目前,针对肿瘤的近红外光学成像的分子是单靶
目的:研究吉非替尼联合125I放射性粒子治疗肺癌A549细胞裸鼠移植瘤的有效性。方法:利用稳定表达荧光素酶的A549-luc人肺腺癌细胞建立裸鼠皮下移植瘤模型24只,20d后成瘤大小8-10mm。24只荷瘤裸鼠随机分为空白对照组6只、125I放射性粒子植入组6只,吉非替尼组6只,吉非替尼联合125I放射性粒子植入组6只。观察肿瘤生长情况,持续测量肿瘤大小变化。利用活体生物发光成像检测含荧光素酶报告
第一部分:MR动态对比增强成像在评估宫颈癌淋巴脉管浸润状态中的应用目的:探讨动态对比增强(dynamic contrast enhancement,DCE)磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)术前评估宫颈癌淋巴脉管浸润(lymphovascular space invasion,LVSI)状态的临床价值。方法:收集宫颈癌68例,均在术前行DCEMRI检查,分别
目的:越来越多的证据证实了长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lnc RNAs)在肿瘤生物学过程中的本质调控作用。Lnc RNA PXN-AS1已被发现是胰腺癌的抑癌基因;但其在胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)中的作用和机制尚不清楚。本研究旨在探究Lnc RNA PXN-AS1在胶质瘤生长增殖过程中的作用及机制。方法:通过qRT-PCR检测胶质母细胞瘤细胞
目的:肿瘤相关巨噬细胞(tumor-associated macrophages,TAMs)在肿瘤微环境中扮演者十分重要的角色,豆蛋白酶(legumain)在胃癌中高表达,且与肿瘤微环境关系密切,legumain是否通过调控TAMs影响胃癌的发生发展不甚清楚,本研究的目的是探讨legumain对于TAMs的增殖及迁移的影响,进一步研究legumain能否通过TAMs影响胃癌的发生发展。方法:应用P
SRC作为一个经典的原癌基因,编码具有酪氨酸激酶活性的c-Src蛋白。已经有多篇研究报道,c-Src在多种人类肿瘤中处于高表达状态或具有高激酶活性,并参与到癌症发生发展的多个过程中,包括细胞增殖、分化、血管生成和预后生存率等。AGO2作为miRISC复合物中的核心组分,参与小RNA介导的基因沉默和部分miRNA的生成调控。AGO2可以发生多种翻译后修饰,其中酪氨酸磷酸化修饰的研究尚处于起步阶段,并
目的:在卵巢癌网膜转移动物模型RNAseq测序结果基础上,筛选出在卵巢癌网膜转移过程中强势表达的基因——补体C1q肿瘤坏死因子相关蛋白6(Complement C1q Tumor Necrosis Factor-Related Protein 6 CTRP6);在体外细胞水平进一步探究CTRP6通过调节网膜脂肪细胞脂代谢促进卵巢癌网膜转移的机制研究。方法:利用GO富集分析卵巢癌网膜多时点动态测序结
胰腺癌是恶性程度最高的肿瘤之一,临床上缺乏有效治疗手段,预后极差。在我国,近年来胰腺癌患者数量呈快速上升趋势,严重威胁到人类健康。它被认为是一种复杂的基因异常疾病。而对于胰腺癌的分子分型的研究有助于我们更好地理解这一种基因异常疾病。Collison于2011年提出了基于表达谱水平的胰腺癌分型标准分为三组。在之后的2016年Bailey等人同样发现Collison的分三组之一的类间质亚组(Baile
肺癌是全世界最常见的恶性肿瘤,尤其发生转移时,预后不佳。为了更好地理解其发生发展的过程以及分子机制,我们的研究目标是寻找肺癌骨转移相关的核心基因。首先,我们从GEO数据库中下载了GSE76194数据集,比较了4对高骨转移肺癌细胞系及其亲代细胞低转移细胞系之间的表达谱,利用R软件中的Limma软件包进行差异表达基因分析,获得1132差异基因,并以此为基础,构建了差异蛋白质-蛋白质相互作用网络。接着,