工程变更问题作为困扰建设工程竣工结算审计工作开展的主要问题，随之带来的是工程投资额增加以及“三超”现象频发的后果。研究工程变更对竣工结算审计的影响，直接关系到建设项目最终工程造价的高低，影响到投资效益好坏以及建设单位与承包商各自切身利益。本文的研究是针对我国工程审计现状，站在审计方角度，以竣工结算审计工作为对象，提出竣工结算审计工作的主要影响因素之一就是工程变更的审计，并从工程变更的有效性、合理性角度出发探讨其对竣工结算审计的影响，通过灰色理论在本文的运用，研究最终审定造价与费用构成之间关联性大小，验证工程变更对竣工结算审计产生的直接影响，从而有针对的将工程变更的审计作为控制重点，最终达到工程项目竣工结算审计质量提高的目的，并使工程变更逐步实现规范化、制度化和科学化。本文将灰色关联理论引入竣工结算审计工作，通过设置研究假设，界定工程变更的审计范围，以竣工结算审计工作开展为切入点，通过对竣工结算审计目的、现状等阐述，定性分析得出审计工作重点应是对工程变更及其衍生关系的审查。同时，确立有针对性的开展竣工结算审计工作新思路。在正确把握工程变更表现形式的基础上，分析工程变更生成因素以及不同类型工程变更内在属性与特点，还原审计工作对变更的实际处理方式，找到不足之处，进一步明确竣工结算审计影响研究方向。本文运用灰色关联理论创建的灰色关联分析评价模型。以工程变更是竣工结算审计工作控制重点为研究对象，通过灰色综合关联度模型和灰色斜率关联度模型，计算各评价指标与最终审定金额之间的关联度，得出其分析结果具有实际意义，模型具有可适用性，最终为竣工结算审计工作开展提供了理论依据。