4号染色体候选区域鼻咽癌易感基因的筛选

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研究背景与目的:鼻咽癌(NasopharyngealCarcinoma,NPC)是东南亚地区一种常见的肿瘤,有着明显的种族和地区分布特征,普遍认为遗传因素在肿瘤发生的过程中起着重要的作用,它和EBV及环境因素的相互作用导致NPC的发生。NPC是研究基因-环境相互作用在肿瘤病理中的作用一个很好的模型。在先前的研究中,我们研究小组将NPC易感区域定位在4p15.1-q12,但是确切的易感基因还没有被鉴定出来。方法:为了鉴定出NPC易感基因,我们采用家系连锁分析和基于家系的关联分析、病例-对照研究、更多的功能研究方法包括染色质免疫共沉淀(ChIP),荧光素酶报告基因等方法用来对候选的位点进行进一步的研究。结果:1).HOZFP基因中存在一个单体型在高发家系中与NPC表型共分离;在4号染色体短臂D4S3040到D4S3045之间,31,34号家系共享着一个较长的单体型,这个区域包含标记D4S405,该遗传标记在之前的TDT分析中与NPC高发家系疾病表型是显著相关的,也是全基因组扫描连锁分析中最高的LOD值所在的遗传标记。在这个区域附近,LOC344967基因上游启动子调节区域-32的SNP-32A/G(rs1758593)的p值最低,达到显著水平(p=0.05)。有理由相信,该位点本身或者附近可能包含了NPC易感基因。在分析8个高发家系24个标本中,还发现了5个在NPC大家系中与NPC表型共分离的位点;另外,还发现近10个在剪切位点或者剪切位点附近的SNPs,这些位点都可能提示基因重要的功能学的改变。2).发现的一个变异位点(LOC344967-32A/G)分布在LOC344967基因上游的调控区。该-32A/G位点等位基因A在原先用于连锁分析的NPC家系中和疾病表型共分离,更重要的是,该位点的变化在LOC344967启动子区形成了一个转录因子AP1的结合位点,在体内明显增强了转录因子AP1和启动子结合的活性。LOC344967基因可能是乙酰辅酶A硫脂水解酶基因家族的成员,该基因家族的成员在脂肪酸的代谢中起重要作用,参与多种肿瘤(如前列腺癌)的发生过程。3).为了研究在候选区域中-32A/G的变异附近的基因是否由于连锁不平衡而包含可能的易感基因,我们研究了Nedd4结合蛋白2基因(34BP2)区域和NPC相关的可能性,设计了病例-对照的实验,采用530个散发的NPC病例,和性别年龄匹配、来源于广东地区的480例正常对照进行关联研究。之前,我们已经测定了该基因的启动子区域,外显子,外显子-内含子交界的序列,发现了一些新的SNPs,结合dbSNP的数据,在该区域选择了12个位点(8个位点在N4BP2基因中;上游4个位点,落在LOC344967基因中),做关联分析,结果表明,N4BP2的一个单体型ATTA和GTTG在病例对照的分布存在显著的差异(p<0.0001),ATTA单体型可能和NPC的风险相关联。
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