蚤蝇科是双翅目较大科之一,其形态学研究已经具有一定的基础,但系统发育研究还处于初级阶段,因此探讨蚤蝇科分类地位对研究双翅目演化关系具有重要意义。前人对蚤蝇科的分类地位和系统发育进行过研究,并提出蚤蝇科不同的分类系统,但是还有许多问题尚未解决。本文针对这一现状,首次对我国大陆地区蚤蝇科分类地位,各属间的亲缘关系和进化关系进行分析和探讨。推断蚤蝇科系统发育关系,确定中国蚤蝇科的姐妹群以及各属间的亲缘关系,同时比较前人的不同分类体系,从中寻找和建立一个较为科学的蚤蝇科分类系统。本文选择澳蝇科Sciadoceridae作为研究的外群,根据外群比较原则分析了蚤蝇科的极性。使用支序分析方法,PAUP系统发育分析软件,使用Adams合意分析、严格合意分析和多数规则合意分析三种合意树分析方法,对中国大陆地区蚤蝇科24个属的系统发育关系进行研究。对蚤蝇科进行支序分析,结果表明:一、亚科的单系性本文根据Adams合意分析、严格合意分析和多数规则合意分析三种方法,均将中国大陆地区蚤蝇科分为两个亚科,即蚤蝇亚科Phorinae和裂蚤蝇亚科Metopininae,并且互为姐妹群,都分别构成单系群。二、属间亲缘关系和进化关系分析蚤蝇亚科Phorinae包括栉蚤蝇属Hypocera、粪蚤蝇属Borophaga、戈蚤蝇属Godavaria、鬃蚤蝇属Chaetogodavaria、阔蚤蝇属Latiborophaga、栉胸蚤蝇属Ctenopleuriphora、弧蚤蝇属Stichillus、蚤蝇属Phora、刺蚤蝇属Spiniphora、肋蚤蝇属Psyllomyia、栅蚤蝇属Diplonevra、栓蚤蝇属Dohrniphora、锥蚤蝇属Conicera、周蚤蝇属Chouomyia、寒蚤蝇属Triphleba、脉蚤蝇属Anevrina 16个属。裂蚤蝇亚科Metopininae包括罗蚤蝇属Rhopica、裂蚤蝇属Metopina、喙蚤蝇属Trophithauma、虼蚤蝇属Pulicphora、寡蚤蝇属Gymnophora、乌蚤蝇属Woodiphora、伐蚤蝇属Phalacrotophora和异蚤蝇属Megaselia8个属。蚤蝇科Phoridae中粪蚤蝇属Borophaga和弧蚤蝇属Stichillus、栅蚤蝇属Diplonevra和栓蚤蝇属Dohrniphora、鬃蚤蝇属Chaetogodavaria和栉胸蚤蝇属Ctenopleuriphora、蚤蝇属Phora和刺蚤蝇属Spiniphora、裂蚤蝇属Metopina和虼蚤蝇属Puliciphora、伐蚤蝇属Phalacrotophora和异蚤蝇属Megaselia、寡蚤蝇属Gymnophora和乌蚤蝇属Woodiphora,它们之间的亲缘关系最近。在第一个大类群中,脉蚤蝇属Anevrina、刺蚤蝇属Spiniphora、蚤蝇属Phora属较原始的属。其中粪蚤蝇属Borophaga和弧蚤蝇属Stichillus、栅蚤蝇属Diplonevra和栓蚤蝇属Dohrniphora、鬃蚤蝇属Chaetogodavaria和栉胸蚤蝇属Ctenopleuriphora分别是从支序图中最迟分化出来的属,属最进化的类群。在后一大类群中罗蚤蝇属Rhopica最早分化出来,属最原始的属,裂蚤蝇属Metopina和虼蚤蝇属Puliciphora、伐蚤蝇属Phalacrotophora和异蚤蝇属Megaselia最后分化出来,为最进化的类群。三、亚科分类和地位本文将中国大陆地区蚤蝇科Phoridae分为两个亚科,即蚤蝇亚科Phorinae和裂蚤蝇亚科Metopininae。蚤蝇亚科Phorinae包括中国大陆地区分布的16个属。裂蚤蝇亚科Metopininae包括中国大陆地区分布的8个属。四、各属分类地位经过支序分析本文认为Brown（1992）分类系统中Hypocerinae中栉蚤蝇属Hypocera、粪蚤蝇属Borophaga、戈蚤蝇属Godavaria、阔蚤蝇属Latiborophaga和弧蚤蝇属Stichillus,Aenigmatinae中的肋蚤蝇属Psyllomyia、栅蚤蝇属Diplonevra和栓蚤蝇属Dohrniphora,Conicerinae中的锥蚤蝇属Conicera都应归回蚤蝇亚科Phorinae。经过支序分析本文认为蚤蝇亚科Phorinae中鬃蚤蝇属Chaetegodavaria,栉胸蚤蝇属Ctenopleuriphora,肋蚤蝇属Psyllomyia和周蚤蝇属Chouomyia这些属的形态特征与蚤蝇亚科Phorinae其它属的特征差异较大,它们的系统发育关系还有待进一步研究;裂蚤蝇亚科Metopininae中的虼蚤蝇属Puliciphora形态特征与其它属的特征差异较大,还需要进一步对其形态特征进行研究。本研究所用的标本均源自沈阳大学生物技术研究所。