本论文通过分子动力学方法研究了钙离子、镁离子、钾离子、钠离子等与钙调素形成的复合物的结构和能量本质，从动力学轨迹上分析它们和钙调素结合的差异，试图阐明钙调素对钙离子具有特异选择性的结构机制，研究发现钾离子和钠离子并不能与钙调素稳定地结合，钙离子和镁离子虽然都可以和钙调素稳定地结合，与EF区侧链上的氧原子形成配位键，但是结合模式有着一定的差异，钙离子采取五角双锥的七配位方式，而镁离子是八面体的六配位结构，同时还发现含有钙离子的体系中EF区的三号位残基对于蛋白功能的实现具有重要的作用。我们还研究了钙调素碳端的球域内两个离子结合的协同性，分子动力学和半经验计算研究表明单个球域内的两个离子的结合并不存在明显的协同效应。另外，计算结果表明钾离子和钠离子都不能和钙调素稳定地结合，而钙镁离子均能与钙调素具有最有效的作用。