发展新能源汽车是助力实现“双碳”目标的重要举措。我国新能源汽车产业政策正由补贴政策为主导过渡到双积分政策为主导。在双积分政策接续补贴政策的不同阶段,汽车企业面临不同的外部激励,这势必影响汽车的研发、生产等一系列决策。同时,当前新冠疫情对新能源汽车产业造成巨大冲击,新能源汽车供应商和制造商亟需通过加强合作来应对挑战。鉴于此,本文分别针对纯补贴政策、纯双积分政策和补贴与双积分政策并行这三种政策背景,构建了新能源汽车供应链关于研发投入、供应商定价、制造商定价的三阶段动态博弈模型,并探讨了政府补贴、积分价格及其共同作用之下新能源汽车供应链的最优决策。此外,考虑到疫情对新能源汽车供应链的影响,以及补贴全面退出后双积分政策主导产业发展的情形,本文在双积分政策背景下分别建立了新能源汽车供应链合作研发与非合作研发模型,比较分析了合作研发与非合作研发时新能源汽车供应链的均衡解,探讨了消费者对研发的偏好系数以及疫情导致的成本溢价系数对两种研发策略下研发投入、均衡价格、最优产量以及供应链整体利润的影响。研究表明:第一,若消费者研发偏好系数满足一定区间范围,则供应商和制造商的研发投入将与补贴和积分价格呈正相关。第二,若政府补贴与积分价格超过一定阈值,则供应商和制造商利润以及供应链整体利润会随补贴和积分价格的增加而增加,且补贴与积分价格的组合对供应商和制造商的利润及供应链利润具有协同放大效应。第三,在补贴与双积分政策并行下,新能源汽车价格相比单一政策下的最优价格要更低,最优产量更大,利润更高。第四,若消费者研发偏好系数满足一定区间范围且积分价格大于某一阈值,则合作研发下的研发投入、最优价格、最优产量以及供应链整体利润总是大于非合作研发下的解。第五,无论采取合作研发还是非合作研发策略,若消费者研发偏好系数满足一定区间范围,则最优研发投入、最优产量以及供应链整体利润将随疫情成本溢价系数的增加而减小,而新能源汽车最优价格将随供应商疫情成本溢价系数的增加而增加,随制造商疫情成本溢价系数的增加而先减后增。由此可知,双积分政策在激励新能源汽车产业加大研发投入以及提高产业利润方面发挥巨大作用,供应链上下游企业通过合作研发可有效抵御疫情影响。