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为了准确、快速地鉴别中药饮片与基原植物,本研究应用ITS2序列分别对红豆杉属植物及饮片、不同产地黄芩种子、不同产地苦参种子、忍冬属植物进行了鉴定研究。在本研究中分别采用改良的CTAB法和植物基因组DNA提取试剂盒法提取了样品的基因组DNA,PCR扩增出其核糖体DNA的内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)并进行双向测序。测序所得序列及峰图经软件CodonCode Aligner进行质量评价、拼接、校对后,基于隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMMer)的注释方法去除两端5.8S和26S(28S)区域,获得ITS2序列并预测其二级结构。NCBI BLAST检验ITS2序列正确后,通过软件Seqiun将ITS2序列提交给GenBank,并获得相应的登录号。用软件MEGA5.1对ITS2序列进行分析比对,比较ITS2序列的片段大小及GC含量,分析变异位点,计算种内种间K2P遗传距离并构建NJ树,对ITS2序列的鉴定能力进行评估。通过试验研究发现:(1)改良的CTAB法适合提取黄芩种子与苦参种子基因组DNA,植物基因组DNA提取试剂盒法更适合提取忍冬属植物、红豆杉属植物及饮片的基因组DNA。另外,提取所得的DNA可用于目的片段ITS2序列的扩增。(2)ITS2序列可以将曼地亚红豆杉、东北红豆杉、南方红豆杉准确地区别开来,但不可区分曼地亚红豆杉种内的各个品种。用ITS2序列鉴定出红豆杉饮片样品1、2的成分中含有东北红豆杉;样品3的成分中含有曼地亚红豆杉;样品4、5的成分中含有南方红豆杉。(3)本试验也成功扩增得到黄芩种子的ITS2序列,从不同市场购买的黄岑种子所扩增的ITS2序列共有4个变异位点,可以分为两类:从山西、河北、甘肃、内蒙和河南购买的黄芩种子的ITS2序列相同,从江苏购买的两份黄芩种子的ITS2序列相同。(4)分析了 4份不同产地苦参种子样品的ITS2序列,结果显示苦参种子的ITS2序列高度保守完全相同。(5)利用ITS2序列可以准确鉴定灰毡毛忍冬、金银花、金银木,但同样不能鉴定出灰毡毛忍冬种内的各个品种。总而言之,本试验成功地扩增了红豆杉属植物及饮片、黄芩种子、苦参种子以及忍冬属3个物种的ITS2序列,并向GenBank提交ITS2序列27条。ITS2序列可以较好地鉴定不同物种,但无法区分种内群体,另外,ITS2序列在黄芩种内存在变异,在苦参种内则高度保守。