科学技术是第一生产力。依靠科技进步发展经济已经成为当今时代背景下新的竞争焦点。如何顺应世界经济、科技发展的新潮流、大趋势，迎接中国入世后的挑战和机遇，有效的科技投入支撑体系是保证这一目标实现的重要条件。目前，我国的科技投入现处于由计划经济向市场经济转化的过程中。科技三项费用是计划经济条件下由政府配置科技资源的体现。在社会主义市场经济条件下，科技三项费用在很大程度上已不适应现今科技发展的需要。而公共科技财政是公共财政框架下公共财政用于科学研究和技术开发等方面的经费支出，体现了公共科技支出效益原则。随着经济体制和科技体制改革的不断深入我国的科技三项费用投入模式与社会主义市场经济发展越来越不适应。“十一五”期间，我国科技体制改革的一项重要任务是加快我国由科技三项费用投入模式向公共科技财政模式转变。 本文首先阐述了我国科技三项费投入模式存在的问题，并从活动范围、R&D活动模式等方面指出了科技三项费用投入模式与公共科技财政模式的区别，然后分析了科技三项费用投入模式向公共科技财政模式转变的必要性，最后从明确分类标准、转变对R&D活动投入模式等方面提出加快我国由政府科技三项费用投入模式向公共科技财政模式路径转变的对策建议，并在此基础上提出配套措施保证公共科技财政工作的顺利进行。希望通过本文的研究，对我省有关政府部门关于科技三项费用的改革有一定的现实意义。