自然保护区建设是生态建设体系中重要内容，是保护自然资源和生态环境的最有效的途径。21世纪的今天，在生物多样性公约的实施过程中，发现全球有许多生物多样性热点地区大多分布于行政区域的边界地带上，为此，有人提出生物多样性保护战略必须强调关于共有生态系统和其他保护重点的跨界合作。在这一趋势的推动下，跨界自然保护区建设应运而生。本文选择我国云南的分水岭自然保护区和越南黄连山国家公园进行跨界保护区管理机制及其影响研究。该研究基于生态系统完整性和生物多样性保护目标，运用对比分析和层次分析法，通过对中越两国边境两侧保护区管理机制以及在人为活动干扰下的保护区现状的分析，力图揭示边境两侧保护管理成效的影响因素，为我国及国际跨界保护区建设、管理、合作模式提供一个可资借鉴的案例。主要研究结果如下： (1)两个保护区保护目标上的差异：我国的金平分水岭保护区是属于我国分类系统中自然生态系统类自然保护区中的森林生态系统类型，即以森林植被及其生态环境所形成的自然生态系统作为主要保护对象的自然保护区。其保护对象为中山山地苔藓常绿阔叶林森林生态系统。黄连山国国家公园在越南分类系统中属于国家立法管理的SUFs(特用林地)中的国家公园，它的主要目的是用于生态系统保护以及科研、教育、娱乐等。所以，在政府的倡导下黄连山国家公园大力发展旅游业，造成了国家公园过渡的开发。由于黄连山国家公园没有定义为严格保护区，所以国家公园内有居民居住，并且从事生产活动。这些活动都破坏了保护区内自然性，形成了严重的人类威胁。 (2)管理体制的差异：两个保护区机构设置中财务、科研和管理部门是共同拥有的，分水岭的派出所的职能相当于黄连山国家公园的森林保护处。所不同的是黄连山国家公园机构设置中多了生态旅游与环境教育处和社区发展中心两个部门。其中，生态旅游与环境教育处的设立是与国家公园的以旅游为主的管理目的有关的。社区发展中心的主要职能是开展社区研究和社区合作，由于黄连山国家公园内部还有六个社区在内居住，所以这个机构主要是对其进行管理。在黄连山国家公园发展旅游和开展国家公园内社区工作也纳入工作计划中，这可以对保护区生态环境的恶化起到缓解的作用。 (3)经费来源差异：黄连山国家公园可以开展生态旅游来补充财政资源，国家公园理事会的收入与公园的接待人数直接挂钩。这样一来，开发和保护部门变成了同一机构。没有一个部门有效的对旅游开发的强度和地区做监督，很容易造成国家公园的过渡开发。国家公园理事会把大量来自于国家和项目的经费投入到保护区内部旅游设施的建设上，这样造成了真正用于保护的经费严重不足，还破坏了国家公园内的原始生态环境。与越南黄连山国家公园形成鲜明对比，金平分水岭自然保护区基本上没有旅游方面的收入。 (4)惩罚力度差异：无论是刑法还是国家或地方的处罚条例，越南黄连山国家公园内的处罚力度远小于与其相邻的中国分水岭国家级自然保护区。这种差异直接导致了一系列的问题。由于利润远远大于罚金，在黄连山国家公园内大量的珍贵木材(如：福建柏)被砍伐，并以高价走私到中国，严重破坏了国家公园内的物种资源。由于国家的惩罚力度过小，保护区黄连山国家公园林窗下种植大量的草果，破坏了原始的生态景观格局和生态系统。严重影响了国家公园的自然性。 (5)管理效果的差异：分水岭自然保护区的综合评价指数为0.86，越南黄连山国家公园的综合评价指数为0.76。依据目前较为成熟的保护综合评价方法，对两个保护区进行了综合评价指数等级的划分，得出：分水岭自然保护区的生态质量为很好，而黄连山国家公园的生态质量为较好。即分水岭自然保护区的生态质量要好于黄连山国家公园的生态质量。