目前很多人认为中医理论植根于中国传统文化的土壤,是中国古代哲学的产物,因此无论继承还是发展中医理论,都必须以深入学习中国传统文化为基础,由于中西文化间存在着巨大的差异,因此中医理论现代化是一个很难完成甚至不可能完成的任务。而本文通过考察先秦时期文献典籍,发现在战国早期以前的医案和医论中没有任何古代哲学的痕迹,只是生活经验形成理论并应用于临床；再通过考察古籍发现,古代哲学产生并得以广泛流行之后,医学理论中很快开始出现相关内容。医学理论在从古代哲学中借用思想资源,并借助哲学理论体系构建自身的理论体系,但是在战汉时期,这些新兴理论与医学临床的关系并不紧密,甚至在一些医学理论的论述中也多是起到点缀的作用。据此总结出,中医理论虽然受中国古代哲学的影响,却不是混融体、牢不可分,中医理论在借用古代哲学的思想资源时,并不是完全地、绝对地遵从古代哲学体系,而是以临床实践为自身的根基。从这一点上来说,中医理论的现代化是有可能实现的。同时,通过与西方古代医学理论和临床实践的比较,发现中医理论和西方古代医学理论都擅长使用隐喻的思维方式去理解问题、表述医理、指导临床,都以主—客体关系去构建医学理论,甚至两种理论中都有“气”这种与空气直接相关但又略有不同的概念,而且都将这一概念作为病理学的核心概念。由此总结出,中医理论并非传统文化土壤中独有的产物,它的产生与人类本能的思维方式分不开,在自己特定的发展环境中自然而然地拥有了相应的文化特征。这也从另一个角度印证了中医理论现代化的可行性。以上面的发现为基础,结合两千年来中医理论发展规律,发现中医理论一直在随着社会主流的知识体系、认知体系和语言习惯来进行自我调整,以期与当时社会合拍。从这个层面上来说,中医理论在形成那些被我们今天称为“传统”的过程,实际上就是不断“现代化”的过程,而且这种调整依然是以临床实践为基础展开的,不会影响到临床效果。在今天,中医理论完全有可能和现代学科积极地结合、互动,通过其他学科来认识自己,改造和丰富自身的认知方式、语言表述方式,同时也给现代学科以启发,从而实现“现代化”。中医理论现代化的主旨精神肇端于清末,历经中西医汇通、中医科学化、中西医结合等阶段,本文总结了前几个阶段探索工作的得失之后,发现前人忽视了对人体的全面认识这一重要的基础性工作,也忽视了中药中的植物药与动物药做为具有特定性状、特定功能的生命体,内部化学物质与化学反应既非常复杂,又非常调协,因此中药并非靠单一的化学物质、单一的化学反应起效。以此为依据,本文提出实现中医理论现代化的途径,就是将中医临床实践的成果、中医理论中具有高度临床指导意义的部分做为线索,结合现代学科成果,更加全面地认识人体,具体措施有：运用现代学科既有成果来解释中医理论中的各脏腑间关系、用现代学科既有成果来解释中医理论中的病理学说,研究各脏腑功能间的联动关系。同时提出“功能指向性化学物质群”这个概念,用来探究中药在人体中发挥作用的原理。对中药原理的研究,目前主流做法依然是寻找某味中药的“有效成分”,用西医理论解释中药。这种做法虽然取得了很多成果,却没有探究到根本,因此近年来也受到广泛的质疑。本文通过观察与思考,提出“功能指向性化学物质群”的概念,认为生物之所以能在生长过程中具有某种性状,是体内的化学物质群协同合作的结果,这些化学物质群通过化学反应对生物产生的某些效果也可以在人体中部分实现,而这正是中药有效性的原理所在。