马克思政治经济学批判所运用的哲学方法论原则是作为体系存在的整体理论,它内在的包含着资本主义社会整体这一批判主体,是在历史唯物主义的视域下开展理论批判的,是遵循“从个别到一般”“从抽象到具体”的两条研究路径的,是具体运用矛盾分析法、量变质变互换分析法、否定之否定的分析法来剖析资本主义商品社会的。唯物辩证法思想、剩余价值理论、历史唯物主义观点以及科学社会主义的理论构想都内含于马克思政治经济学批判的哲学方法论体系之内。马克思主义理论体系不是唯物辩证法体系、历史唯物主义体系、科学社会主义体系的分散化、片段化存在,马克思主义的唯物论、辩证法、历史观、世界观、认识论、实践观、价值观、社会主义理论都可以通过对马克思政治经济学批判的哲学方法论体系的历史性梳理得到合理的理解与阐释。从马克思经典著作的研究内容与逻辑演变来看,这一方法论体系始于《博士论文》,终于《资本论》,《1844年经济学哲学手稿》《德意志意识形态》《哲学的贫困》以及“1857—1865年的手稿”都是这一方法论体系的演变阶段。《资本论》是马克思政治经济学批判研究的代表著作,唯物辩证法的一个主体、一种指向、两条路径、三种具体分析方法的内在哲学方法论体系在《资本论》中得到了彻底的贯彻。按照“从抽象上升到具体”的哲学方法论原则,在资本主义商品生产的整体过程中具体运用三大分析方法,由简单到复杂、由一般到具体,以“资本”为研究轴心,展开和分析了“商品”“货币”“资本”“地产”四大研究范畴,形成了三大主体卷本和四大部分的逻辑整体。因此,《资本论》的整体逻辑就是马克思政治经济学批判哲学方法论体系具体展开与实践运用的典型示范。信息技术、量子技术、计算机、微电子、人工智能等给人类社会带来了新的时代特征,因此有些别有用心的西方学者以时代特征的转换来粉饰资本主义社会现存的阶级矛盾与社会结构冲突,企图弱化资本主义的剥削实质,混淆资本主义与社会主义政治经济学的本质区别。然而,尽管作为马克思政治经济学批判对象的资本主义社会整体已经有了不同于以往历史形式的新演变,但隐藏在批判背后的深层次方法论体系的内在科学性与合理性却是现象改变所无法扼杀的,通过对作为马克思政治经济学批判理论集成的《资本论》内在逻辑解析,不仅能观照马克思政治经济学批判哲学方法论的整体体系,同时能够为新时代中国特色社会主义总体布局、战略设定、发展探索提供必要的理论支撑和方法借鉴。