中国西南边境地形复杂,并且跨度较大,作为面对东南亚的门户,与东南亚多国接壤,复杂的人文地理环境造就了此地丰富的黄牛遗传资源。本研究采集39头牛（日喀则驼峰牛9头、涠洲牛10头、巴基斯坦瘤牛10头和缅甸牛10头）进行重测序,平均测序深度和覆盖率达到～11.54×和～99.68%,结合下载的重测序数据54头（德宏牛7头、文山牛7头、欧洲安格斯牛5头、欧洲西门塔尔牛5头、韩牛10头、皖南牛10头和印度瘤牛10头）,共计11个群体93头牛的全基因组重测序数据进行联合分析。通过对常染色体基因组、线粒体基因组以及Y染色体基因组进行遗传多样性、群体遗传结构、父系和母系遗传图谱构建以及受选择分析,获得以下主要结果:1.通过对11个黄牛群体全基因组进行核苷酸多样性（π）、长纯合片段（ROH）和连锁不平衡（LD）的遗传多样性分析,结果显示中国西南边境地区黄牛全基因组遗传多样性高于印度-巴基斯坦瘤牛。2.通过对11个黄牛群体进行系统发育树构建、主成分分析和祖先成分分析,结果显示西南边境地区文山牛（～88.44%）和涠洲牛（～97.10%）以中国瘤牛血统为主,德宏牛（～78.00%）和缅甸牛（～92.67%）以印度-巴基斯坦瘤牛为主,日喀则驼峰牛主要以印度-巴基斯坦瘤牛血统为主（～87.51%）,混有少量普通牛血统和云南地区杂交牛血统。印度瘤牛的血统成分自西向东在云南地区逐渐降低。3.分别对72头公牛Y染色体和81个个体的线粒体基因组进行父系和母系遗传图谱构建,结果与常染色体分析结果基本一致,文山牛和涠洲牛主要为中国瘤牛血统（I1a）,日喀则驼峰牛、德宏牛和缅甸牛主要以印度-巴基斯坦瘤牛（I1）为主,日喀则驼峰牛在印度-巴基斯坦瘤牛遗传背景（I1）上渗入了非洲普通牛（T1）、东亚普通牛（T3）和欧亚普通牛（Y2a）的血统。4.通过对9头日喀则驼峰牛（海拔4200m）和9头涠洲牛（海拔20m）进行选择性清除扫描分析,在高海拔日喀则驼峰牛群体中鉴定到与黑色素沉积、低氧适应、繁殖功能以及辐射抵抗等相关的基因和通路,与日喀则驼峰牛的品种特质相符。本研究从全基因组层面对中国西南边境黄牛资源进行系统评估,为我国西南地区黄牛品种资源的科学保护与地方品种的遗传改良提供科学依据,具有重要的理论与实际意义。