研究目的:研究2016-2017年度鄱阳湖地区禽流感病毒的流行情况,评估候鸟迁徙对当地禽流感病毒流行情况和生态的影响,分析鄱阳湖地区禽流感病毒的基因多样性和分子流行病学特征,为新型禽流感病毒预警预测和风险评估提供依据和基础数据。研究方法:研究分成三个阶段采样,分别在鄱阳湖候鸟迁徙之前和之后采集环鄱阳湖地区家禽相关环境样本,候鸟到达鄱阳湖时采集野禽相关环境标本。家禽相关环境标本主要包括粪便标本、笼具表面擦拭样本、禽类饮用水样本、脱落羽毛样本、杂草涂抹样本、蛋涂抹样本,案板擦拭样本;野禽相关环境样本主要包括粪便样本、禽类饮用水样本、脱落羽毛样本。采集的标本全部接种9-11日龄SPF鸡胚进行病毒分离,收取经甲型流感病毒快速检测方法检测为阳性的鸡胚尿囊液,用二代测序技术获得病毒全基因组,用MEGA6.06结合GISAID流感数据库和GenBank中流感数据库,对病毒的全基因组序列进行分子特征分析和进化分析。研究结果:(1)本研究期间共获得12种不同亚型的禽流感病毒。2016年11月(第一次采样)和2017年5月(第三次采样)在鄱阳湖地区分别采集1336和1335份家禽相关环境样本,共分离到227株禽流感病毒,1株来自于家禽散养户,226株来自于活禽市场,共包括 H1N3、H3N1、H3N2、H3N6、H3N8、H4N2、H4N6、H5N6、H6N6、H9N2和H9N9 11个禽流感病毒亚型,以H9N2亚型为主,其次是H6N6和H5N6亚型。此外,2016年12月(第二次采样)在候鸟保护区采集1995份野禽相关环境样本,分离到1株H6N1亚型禽流感病毒。除H5亚型为高致病性禽流感病毒,其余亚型均为低致病性禽流感病毒。(2)第一次采样(候鸟迁徙前)病毒分离阳性率为9.35%,有7种亚型,各亚型数量依次为 H9N2(32),H5N6(31),H6N6(23),H3N2(8),H3N8(8),H4N2(1),H4N6(1);第三次采样(候鸟迁徙后)病毒分离阳性率为7.64%,有10种亚型,各亚型数量依次为 H9N2(39),H6N6(19),H3N2(14),H3N8(7),H9N9(4),H5N6(2),H4N6(2),H3N1(2),H1N3(2),H3N6(1),两次采样病毒分离阳性率无显著性差异。全基因组序列分析未发现病毒发生对哺乳动物致病性增强的新突变。(3)在鄱阳湖地区首次分离到2株H3N1亚型禽流感病毒,这也是中国自2003年以后再次分离到该亚型病毒。其NA与韩国、中国等国家野鸟中分离的H1N1聚集在一起,同属于欧亚谱系,与高致病性H5N1的NA距离相对较远。(4)候鸟中分离到的H6N1亚型禽流感病毒进化分析显示HA片段属于北美谱系,NA片段属于欧亚谱系,并与当地家禽中分离的N1亚型禽流感病毒聚集在一起,提示当地野禽和家禽中流行的禽流感病毒可能持续发生基因重配。(5)第三次采样是在活禽市场关闭大约3个月,恢复3周后开展采样,对第一次和第三次活禽市场样本的病毒分离阳性率进行对比分析显示,仅万年县样本病毒分离阳性率与第一次采样相比大幅度降低,而其他区县已恢复到市场关闭前的水平。研究结论:(1)多阶段采样表明多种亚型禽流感病毒在鄱阳湖地区持续流行,并首次在该地区分离到H3N1亚型。检出的禽流感病毒主要集中在活禽市场,其造成人感染禽流感的风险相对较高;家禽养殖户/场和候鸟保护区采集的环境样本中禽流感病毒阳性率很低,提示这些区域发生由于人接触禽类相关环境而感染禽流感病毒的风险相对较低。(2)序列分析未发现病毒发生对哺乳动物致病性增强的新突变,但是进化分析提示病毒在家禽和野禽中持续发生重配,而且分离到的H9N2、H5N6等主要亚型的禽流感病毒均与造成人感染病例的病毒在同一进化分支,并且在该地区首次发现了 H3N1亚型禽流感病毒,提示在该地区持续开展禽流感相关研究的重要性。(3)候鸟迁徙前后采样结果提示,活禽市场禽流感病毒阳性率无显著变化,但禽流感病毒各亚型比例有所改变,而且亚型的种类有所增加。需要进一步的研究数据,才能科学评估候鸟迁徙对当地禽流感病毒生态学的影响。