1996年我国在修改刑事诉讼法时,为体现“无罪推定”的精神,在刑事诉讼法第140条第4款新增了“证据不足不起诉”的情形,即“对于补充侦查的案件,人民检察院仍然认为证据不足,不符合起诉条件的,可以做出不起诉的决定。”存疑不起诉的条件包括实体和程序两个方面。从性质上来看,存疑不起诉实质上是对嫌疑人行为不构成犯罪的确认,存疑不诉并不代表着被害人胜诉权的丧失,同时,存疑不起诉对检察机关而言并非是自由裁量权。从效力上看,存疑不起诉是一种程序上的处分,而非实体上的处分,推定被不起诉人无罪并非是实体的一种处理。　　存疑不起诉的确立,表明我国对疑罪的处理从长期所采取的“从有、从挂”转变为“从无”。存疑不起诉制度是疑罪从无原则的具体运用,是诉讼经济和效率原则的必然要求,也有利于保障犯罪嫌疑人的权利,实现司法公正。这标志着我国刑事诉讼的价值开始从打击犯罪为重点转变为打击犯罪与保障人权并重,这是一个历史性的进步。　　然而,实践证明,1996年刑事诉讼法对存疑不起诉的规定又存在许多弊端。首先,证明标准过于笼统,在我国“犯罪事实清楚,证据确实、充分”是刑事诉讼立法对侦查终结移送审查起诉、提起公诉、作出有罪判决的要求。这预示着应当以人民法院作出有罪判决的证明标准来要求检察机关提起公诉,使得我国提起公诉证明标准的规定带有理想主义的色彩,缺乏现实操作性。其次,对“证据不足”的规定过于抽象,从刑事诉讼法律条文来看,无论是证据充分还是证据不足规定得都很简约概括,使人感到难以操作,对证明程度缺乏精确,量化的标准、方式,基本上没有证明程度的等级和“盖然率”的概念,表现为一种“估堆式”的笼统判断和缺乏理性的思考和方法。同时我国的存疑不起诉制约机制也存在着诸多问题,不仅立法上有不足,而且在司法实践中也不甚理想。存疑不起诉权和其它任何权力一样,都有可能因为主观随意性的介入而走向公正的反面,出现被滥用的可能。因此,有必要设置相应的制约机制对存疑不起诉权的行使进行控制,防患于未然,使不起诉权在法定的领域内合理运行,避免其成为恣意的司法行为。　　最后,笔者将针对这些问题提出自己的建议,力求完善存疑不起诉制度。首先,借鉴国外提起公诉证明标准的合理因素,结合我国提起公诉实际和现行的司法解释,我们认为我国提起公诉的证明标准的要求应是“基本事实清楚、基本证据确凿”。其次,对“证据不足”重新界定,使“证据不足”具有可操作性,试图超越“证据不足”的笼统、抽象、不能有效指导司法实践的顽症。最后,从对存疑不起诉决定的事前制约、赋予存疑案件被害人申诉权、检察机关自侦案件存疑不起诉的制约以及建立人民监督员等多角度的制约机制来完善我国现行的存疑不起诉的制约机制。笔者希望通过这篇论文为我国存疑不起诉制度的完善贡献微薄之力,也希望我国的存疑不起诉制度能更好地实现刑事诉讼的目的和任务。