重复序列(SSR)标记的应用有助于区分水稻中的高度多态性，是用于估计近缘基因型间遗传多样性的主要手段。本研究中，共使用22个微卫星分子标记对21个水稻品种（3个来自中国的品种和18个携带非洲栽培稻基因的新渗入系）的特征和特异性进行分析.本研究旨在建立非洲栽培稻基因渗入系的DNA指纹图谱数据库，用于为非洲栽培稻基因渗入系提供遗传鉴定和亲缘关系分析。　　本研究中，利用改良CTAB法提取幼苗幼叶的基因组DNA，在2.0％琼脂糖凝胶上分离PCR产物，以溴化乙锭染色并在紫外光拍摄。PCR产物在6％变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳，利用硝酸银法对凝胶进行染色显影。以SSR方法，通过PCR技术筛选多态性，并已获得的多态性丰富的标记带型。每个位点的等位基因数变幅为2-6个，平均等位基因数为4.1。　　结果表明，不同基因型间的遗传差异可进一步用于材料鉴定。通过聚类分析将21个材料归为8组，与其系谱表现基本一致。其中ILA65和ILA78差异最小（相似系数0.98）。J23B与其他基因型间的差异表现最大，其相似系数在0.35左右。主成分分析表明，PC1贡献率最高，达65.1389％，其次是PC2为7.8560％，这2个因子的累积方差为72.9948％。这与通过加权配对组算术方法(UPGMA)获得的聚类分析结果相近。所有基因型之间的相似系数介于0.2308和0.9780之间，平均相似度0.6807。ILA65和ILA78之间相似度最高(0.9780)，ILA19和J23B，ILA123和J23B之间的相似度最低(0.2308)。J23B与所有其它基因型的相似系数在0.2308至0.4396。　　在筛选获得的22对遗传多态性较好的引物中，RM297，RM208，RM337，RM336, RM213, RM26, RM342, RM186, RM202, RM310, RM80, RM274和RM121能稳定扩增，清晰易读。这对于材料鉴定和DNA指纹图谱数据库的构建具有一定意义。　　最后，我们为每个基因型创建了可用于鉴定的唯一编码。