随着经济与社会的发展,企业间的竞争已经逐步被供应链间的竞争替代。通过对供应链效率的分析评价,能有效地挖掘影响供应链整体运行效率的关键阶段和子链,从而有效地改善供应链的协同效应和运作效率。本文通过对31个省份的农产品供应链效率进行分析,为农产品的协同合作与发展提供一定的借鉴。目前对企业供应链评价研究中,主要是对供应链整体效率评价,评价体系不够全面和系统,评价指标选择主要侧重于企业整体投入产出数据,无法全面地体现供应链各阶段对整体效率的影响。为了解决上述问题,本文运用网络数据包络分析技术（NDEA,Network Data Envelopment Analysis）,从生产、加工、运输、销售四个环节建立了完整的供应链结构框架。基于农产品供应链的框架,选取并优化了农产品供应链效率评价指标体系和网络DEA模型的农产品供应链的效率评价,确定了与供应链各阶段相应的投入产出变量衡量指标。在供应链各阶段中,将前一阶段的产出指标作为后一阶段的投入指标的变量定义为中间变量。同时将网络DEA模型计算出的农产品效率结果与传统DEA计算出的效率值进行对比分析。由实证分析结果可以看出,农产品供应链整体发展较差,全国各省市DEA综合效率值均小于1,并未达到有效。从生产、加工、运输、销售四个阶段的效率值来看,农产品供应链过程中稍具优势的是生产和运输阶段;稍显劣势的是加工和销售阶段。最后分析各省市在农产品供应链各阶段的投入不足与产出冗余,结合各地区农产品企业的实际情况对农产品生产、加工、运输、销售各阶段及供应链整体效率提升提出对策建议。