菜豆是世界上栽培面积最大的食用豆类，也是我国重要的食用蔬菜，其营养丰富，优质淀粉及蛋白质含量较高，在我国大部分地区均有栽培。东北是我国菜豆的主产区之一，品种资源十分丰富。本研究通过搜集吉林省近年审定和主栽的36份菜豆品种，对其进行形态学指标、品质指标等农艺性状和ISSR分子标记的研究，以期明确菜豆种质资源的多样性，对菜豆种质的收集、利用、鉴定以及遗传图谱的构建和分类初步奠定基础。试验研究结果如下：1.对36份供试材料的种子、嫩荚、植株形态指标多样性结果表明：菜豆的种质遗传多样性丰富。形态指标变异系数变化范围在8.33%-31.35%之间；果实的变异程度较种子和植株高；品质指标的变异系数变化范围在0.99%-75.18%之间；品种间的Vc含量差异最大，水分含量差异最小。分子标记扩增条带的多态性比率为87.36%，但36份材料间的相似性系数变幅较小。2.对供试材料有关性状进行相关分析结果表明：菜豆嫩荚长与种长的正相关性极显著，嫩荚长与种厚的负相关性极显著；嫩荚宽与种宽的正相关性极显著；嫩荚喙长与种长、种宽的正相关性均为极显著；嫩荚肉厚与种宽的负相关性显著。嫩荚宽及嫩荚喙长与叶宽负相关性显著；嫩荚厚与株高的正相关性显著。始花节位与所有果实性状相关性不显著。可溶性糖含量与嫩荚宽、嫩荚重的负相关性显著；可溶性蛋白含量与嫩荚宽的负相关性显著；叶绿素含量与荚色深浅的正相关性显著，叶绿素含量与嫩荚宽的正相关性极显著；硝态氮含量与嫩荚喙长的正相关性显著，硝态氮含量与嫩荚厚的负相关性显著。3.依据形态指标、品质指标和分子标记方法对供试材料的分类结果不完全相同，但均将32号、33号和34号品种聚为一类，说明以上三个品种的亲缘关系更为接近。通过对形态标记和分子标记综合分析表明，亲缘关系较近的品种分别为：29号与31号品种；2、3、5、6、7、8与17号品种；10-16号品种；21-24号品种；29号与31号品种；说明同一来源地的品种趋于聚为一类。由品质指标和分子标记综合分析可知，遗传关系较近的品种分别为：2、7与14号品种；1、3、4、5、6、8、12与13号品种；9、10、15与17号品种；18、19、21、22、23与24号品种；25-30号品种；说明不同来源地的品种也存在亲缘关系较为接近的现象。4.初步建立菜豆的最优ISSR反应体系(25μL)为：模板DNA45ng，Taq酶1.5U，Mg2+浓度2mmol·L-1，引物浓度0.5μmol·L-1， dNTP浓度0.15mmol·L-1，其它成分为无菌双蒸水；45次循环。对供试材料进行ISSR分子标记，菜豆的扩增程序为：94℃预变性5min；以下程序循环40次：94℃变性40s，54℃退火45s，72℃延伸1min20s；最后于72℃延伸8min,于4℃终止反应保存。从100条引物里筛选出20条菜豆的ISSR扩增引物，分别为引物812、818、823、824、834、835、840、842、846、856、857、860、861、867、880、881、888、895、899、900。筛选出20号品种的特异性引物840、27号品种的特异性引物861和31号品种的特异性引物846，可将这3个品种快速的从所有供试的36份菜豆品种中鉴别出来，作为鉴定、区别品种的依据。