健全有效的内部控制可以合理保证公司经营的效率和效果,2010年,我国财政部、审计署、证监会、银监会和保监会等五部委联合颁布了《企业内部控制审计指引》,内部控制审计目标是鉴证内部控制的有效性并发表审计意见,内部控制审计制度的出现对上市公司内部控制实施有着重要影响,内部控制审计制度实施以来,内部控制否定意见报告数量逐年攀升,表明上市公司内部控制存在重大缺陷,其中的典型代表如康美药业、长园集团等内部控制混乱,扰乱资本市场良好秩序运行。针对上市公司内部控制失效问题,本文选取否定意见的内部控制审计报告为研究视角,意在研究内部控制重大缺陷的总体现状及成因,对于提高上市公司总体内部控制水平有着重要意义。本文以2012-2018年被出具否定意见内部控制审计报告的上市公司为研究对象,采用数据统计分析和案例研究方法,对2012-2018年出具内部控制审计否定意见报告的上市公司内部控制重大缺陷总体现状进行分析,重点分析了内部控制重大缺陷历年数量变化、行业分布、市场分布以及内容分布,其次分析了内部控制重大缺陷的成因,鉴于制造业和主板上市公司内部控制重大缺陷存在问题突出,发生比例较高,所以本文选取了主板医药制造业康美药业作为案例,分析其内部控制重大缺陷问题,最后根据对总体和个案的分析,从监管层、上市公司角度以及会计师事务所角度给出建议。