【摘 要】
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本研究首次应用共进化法,对肺癌相关蛋白质的相互作用进行分析,并试图对蛋白质进行分组。通过在NCBI等数据库搜索,共搜集到小细胞肺癌(SCLC)相关蛋白序列20条,非小细胞肺癌(NSCLC
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本研究首次应用共进化法,对肺癌相关蛋白质的相互作用进行分析,并试图对蛋白质进行分组。通过在NCBI等数据库搜索,共搜集到小细胞肺癌(SCLC)相关蛋白序列20条,非小细胞肺癌(NSCLC)相关蛋白序列100条。利用NCBI提供的Protein-ProteinBLAST程序在相关蛋白质数据库中搜索,寻找符合条件的同源序列。小细胞肺癌(SCLC)有19条蛋白质序列,非小细胞肺癌(NSCLC)有92条蛋白质序列在Homosapiens,Bostauru,Canisfamiliaris,Daniorerio,Musmusculus,Rattusnorvegicus六种物种中找到P(N)<1×10-5的同源序列,对以上每条蛋白质序列与其同源序列共六条序列为一组,分别用ClustalX和Bioedit程序为各组蛋白分别建立进化树和距离矩阵。利用编写的计算程序,将这些距离矩阵进行两两比较,得到相关系数分析其相似度,对目标蛋白相互作用做出预测,与蛋白质相互作用数据库实验得到的蛋白质相互作用比较验证,并在此基础上构建了一类肺癌蛋白质相互作用网络。以期对研究和揭示肺癌的发病机制,发现早期诊断标记提供指导。同时,对共进化方法研究真核生物蛋白质组相互作用的优缺点做出评估。为发展高效的蛋白质组相互作用预测方法,大通量分析生物数据奠定基础。
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