桃潜隐花叶类病毒(Peach latent mosaic viroid，PLMVd)的危害是影响桃产量和品质的重要因素，在许多国家已被确定为最危险的系统侵染性病原之一，但该类病毒在国内研究很少。本研究从PLMVd的检测入手，研究建立了PLMVd的检测技术；克隆了中国分离物的全长核苷酸序列，并进行了分子特性分析；然后通过对单链构象多态性分析技术(Single-strand conformation polymorphism，SSCP)改进，对PLMVd的分子组成(即群体结构)和分子变异进行了研究，并对不同分离物致病性差异的分子机制进行了初步分析。最后，还鉴定了PLMVd cDNA在SSCP中所产生的两条单链极性。(1)采用反转录-多聚酶链式反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction，RT-PCR)方法对春、夏季从武汉地区采集的感染PLMVd的桃样品进行分析，结果显示，春季采集的5个样品(P1-P5)获得了预期大小约为337 bp的目标扩增条带，而夏季采集的样品，通过去蛋白纯化处理后，获得了预期的目标扩增条带。通过回收RT-PCR产物，用生物素标记制备探针，分别采用DNA斑点杂交、RNA斑点杂交和组织印迹杂交三种杂交方法对这些样品进行了检测，结果显示三种杂交方法均可检测到PLMVd，其中组织印迹杂交与DNA斑点杂交的杂交信号较强，RNA斑点杂交信号较弱。此外，还运用双向电泳进行了检测分析，结果显示有一条落后于连续电泳带之外的核酸带。采用组织印迹杂交方法分析了PLMVd在桃树不同部位(皮、嫩梢、幼果、显症和不显症嫩叶、显症和不显症老叶)的分布情况。结果显示，除皮外，PLMVd在这些部位均有分布，且类病毒含量之间的差异较小。(2)测定显示PLMVd中国分离物分子变种PLMVd-P3的cDNA分子全长为337 nt，与已报道的PLMVd基因组大小相似。序列分析表明，该分子变种与已报道的不同变种相似性为90％-96％。对获得的不同分离物的分子变异发生位置进行了分析，结果显示变异主要集中在锤头臂，LooP A，PSTI臂和大部分单链区，而从140到270 nt处，包括P4到P10区，则很少发生变异。用软件分析各分子变种的二级结构显示，它们都显示为一个包含中心区和几个茎的多分枝状二级结构，但各分子变种之间结构差异很大，除了都存在与经典的二级结构相应的P1、P9、P10和P11茎外，其它P2-P8茎则相互表现为不同组合，从而形成几种不同的二级结构。(3)选用8个已经测序、相互之间有1-25个碱基差异的克隆为材料，进行了单链构象多态性分析(Single-strand conformation polymorphism，SSCP)。结果显示，采用报道的SSCP分析，不同克隆间表现出相同的SSCP带型，显示出现有SSCP技术灵敏度很低。通过电压、胶浓度、胶交联度、电泳时间等条件的优化后，其中6个克隆可以被鉴定出来。而在一种改进型SSCP凝胶上，其由不同交联度(49：1和29：1)的上下两半部分8％聚丙烯酰胺组成，则能够将所有存在分子差异的克隆完全区分开。对来源于同一分离物的22个克隆运用了以上SSCP方法进行了分析，所显示的灵敏度与分析8个克隆时一致。对比分析SSCP图谱与克隆间的序列差异关系，序列间碱基差异的多少和它们的SSCP带型相对位置差异不存在相关性，说明影响cDNA单链条带迁移距离的因素除了和碱基差异的数量有关外，主要和变异发生位置有关。(4)运用改进的SSCP技术，对表现PLMVd三种典型症状(叶片褪绿、花叶和黄化)的不同来源的6个桃样品进行了PLMVd分子变异分析。结果显示，PLMVd的每个分离物由不同的分子变种组成，其中有一个优势分子变种，占32％-57％，其他大部分分子变种的比例都很低，约4％-5％，但非优势分子变种总量较大，为43％-68％。通过对6个分离物的分子变种的序列分析结果显示，优势分子变种和不同的非优势分子变种序列间差异很小，仅有1-6个碱基的变化，相似性高达98.5％-99.7％。将优势序列和采用生物学软件对不同序列推导产生的共有序列对比，结果显示，在每个群体中，优势分子变种序列和共有序列完全一致。表明在一个群体内，优势分子变种具有对其它分子变种的广泛代表性。通过对不同分离物的优势序列相似性及遗传距离分析表明，生物学表现一致的分离物之间，都表现出较高相似性和较小遗传距离，分别为98.8％以上和小于1％；而不同生物学表现的分离物间，则表现出较低相似性和较大的遗传距离，分别为98.5％以下和大于1％。分析分离物间的变异特点显示，寄主症状表现相同的分离物间存在一些独特的碱基变异。在叶缘褪绿症状分离物核苷酸序列上，在169 nt处存在变异G或U；黄化症状的分离物中，在115和116 nt处存在两个变异碱基CU；花叶症状分离物中则存在变异(3 nt：缺失C、5 nt：A和54 nt：U)。(5)利用不对称PCR-SSCP对PLMVd在SSCP中所产生的两条单链极性进行了分析，结果表明靠近点样孔处的条带来源于PLMVd RNA负极性链，远离点样孔处的条带来源于正极性链。