诸如新冠肺炎这样的重大疫情给公民的生命健康和国家安全造成了严重威胁。为遏制疫情的持续蔓延,减少国家和人民的损失,我国采取了强有力的防疫措施,有效地抑制和减少了病毒传播,保障人民之生命与健康,并逐步恢复经济生产和国家建设。然而,疫情防控实践也暴露了我国相关公民基本权利保护立法的不足。基于此,笔者对重大疫情防控中基本权利的保护进行研究,重点对疫情防控中公民基本权利保护的现状以及我国目前相关立法不足提出针对性建议,以促进我国相关立法的完善和人权保障事业的进一步发展。本文共分为五个部分:第一部分首先介绍了选题的背景和意义,分析了关于重大疫情防控中公民基本权利保护研究的国内现状和国外现状。发现相比国外,我国对“紧急状态”、“突发公共卫生事件”和“传染病防治”背景下的公民基本权利保护研究数量较少,而且不够深入。对于“重大疫情防控”国内外研究均没有明确界定,只有相关研究。由此引发笔者对重大疫情防控中公民基本权利保护的论述。第二部分进行了重大疫情防控与公民基本权利的概述。主要包括重大疫情防控的概念界定、属性界定和其涉及的公民基本权利。其中,涉及的基本权利是从人身权和财产权分类论述的。认为“重大疫情防控”要结合紧急状态和突发公共卫生事件界定;重大疫情防控具有合法性、阶段性和空间性及国家权力的扩张性;重大疫情期间公民的基本权利可依据受限程度分为两类。第三部分主要分析了重大疫情防控与公民基本权利保护的一致性与冲突性。主要包括重大疫情防控与公民基本权利保护的冲突根源、冲突表现和一致性论述。认为公民基本权利的重要性和重大疫情中公民基本权利的受限性是冲突的根源所在,主要表现在国家安全优先性与公民个人自由的冲突,国家紧急权力与公民权利的冲突。其中,后者主要是国家行政应急权对公民权利的限制,具体体现为疫情管控限制人身自由、谣言治理限制表达自由、媒体报道与人格权冲突、财产征用限制物权等。一致性主要表现在重大疫情防控与公民权利保护根本利益的一致性和路径选择的一致性。第四部分主要研究了我国重大疫情防控中公民基本权利保护的现状与问题。主要涉及重大疫情防控中公民基本权利保护的立法现状和实践现状,以及我国重大疫情防控中基本权利保护制度存在的问题。其中实践现状分析了我国疫情防控中基本权利保护的成效,总结了疫情期间我国公民基本权利遭受侵害的表现。最后得出我国疫情防控中公民基本权利保护存在的问题。包括法律体系不完善、行政应急权监督不够、基本权利限制标准不明确、人格权和财产征用规定缺乏操作性、特殊群体基本权利保障不完善等。第五部分主要研究了重大疫情防控中我国公民基本权利保护的立法完善。主要包括完善重大疫情防控中基本权利保护立法体系、平衡行政应急权与公民基本权利的冲突、加强公民人身权和财产权保护、保障特殊群体的基本权利等五个方面。提出应制定高阶统筹性法律弥补空白,修改公共卫生应急领域法律,增强疫情防控法律体系的系统性;明确基本权利的限制标准,完善行政应急权力的监督;加强对人格尊严、个人信息权保护,完善财产征用补偿制度;重视患者及疑似患者、医护人员和弱势群体等基本权利保障。