大型水利工程建设对于河口生态环境的影响，是目前环境学和生态学领域十分重视的研究课题。本文以长江口生态环境现状为基础，采用理论分析、专家咨询、现场观测与调查等技术手段，首次较系统地分析了三峡工程、南水北调工程和引江济太工程对长江口水域生态环境的叠加影响。首先分析了三峡工程、南水北调工程和引江济太工程对长江口径流量的叠加影响，采用三峡工程设计的典型年枯、平、丰水年作为标准，通过工程各自的调度方式，最终计算出叠加影响后的径流量。结果显示：变化最大的是10月份，枯水年、平水年、丰水年减少的比例分别为41.3％、23.8％和19.8％，枯水年的11月份减少比例也比较大，为27.3％；2～3月份枯水年和平水年径流量都有相应的增加，但增加比例不大，范围在1.9％～6.2％之间；6～9月长江口径流量只受南水北调和引江济太工程影响，径流量有所减少，但由于是汛期，减少比例不大。再次分析了大型水利工程对长江口水质的叠加影响，包括盐水入侵和其它参数的变化。先较详细地分析了目前长江口的水质状况，然后根据水质现状分析了工程的叠加影响，结果表明径流量减少，盐水入侵加剧，同时水体稀释能力也变弱，在污水排放不变的情况，加大了水体的污染程度，导致水质进一步的恶化。最后分析了大型水利工程对生物多样性的叠加影响，长江口水域生物多样性主要包括浮游植物、浮游动物、底栖动物和鱼类。根据它们各自的特点、生活习性、产卵繁殖场所和洄游情况，以及它们与径流量之间的相互影响关系，可以分析出工程对它们的叠加影响。分析结果表明枯水年的10月份浮游植物和浮游动物减少的比例比较大，减少的比例分别为65.9％和64.1％；对底栖动物的影响主要是数量和分布上，径流量减少后数量会比天然情况下有所增加，淡水种类的分布会向长江口偏移；对长江口鱼类资源的影响比较复杂，主要分析了洄游性鱼类，通过分析可以看出洄游性鱼类受大型水利工程影响后，它们的洄游线路、繁殖和栖息场所可能发生改变。