福建近海域沉积物细菌多样性及芽胞杆菌资源的挖掘

来源 :福建师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:poshashajia
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本文在福建连江、漳州和霞浦三个地点共采集了 51份沉积物样本,其中包括春夏两季漳州红树林根际土壤样本16份。利用Illumina MiSeq高通量测序平台研究福建近海域海洋沉积物的细菌多样性,基于多样性分析结果结合可培养法,挖掘其中的芽胞杆菌资源。高通量测序结果表明:1)经454焦磷酸测序,共获得428,3227有效序列,有效碱基数 11,7683,6236 bp,物种注释(Operational taxonomic unit,OTU)数目 16686,获得细菌种类61个门,173纲,1446属和3074种细菌。从Shanon指数和Simpson指数得出,漳州地区土样细菌种类最多。细菌优势类群为变形菌门、厚壁菌门、绿弯菌门和拟杆菌门。2)春夏两季漳州红树林根际土样的16个样本中获得有效序列1636973条,物种注释(Operational taxonomic unit,OTU)数目为8743,获得细菌种类53个门,153纲,1019属和2168种细菌。从多样性指数分析,得出夏季土壤微生物多样性比春季高。漳州云霄红树林根际土壤中的优势菌门为变形菌门,占56.66%、其次为绿弯菌门11.80%。采用不同培养条件对福建连江、漳州和霞浦地区的沉积物样本进行芽胞杆菌资源挖掘,同时比较分析春夏两季漳州云霄红树林根际土沉积物的芽胞杆菌资源分布特征,并对潜在新种进行多相分类研究。结果得出,获得芽胞杆菌菌株993株,芽胞杆菌种类有111种,有58种中国分布种,53种中国新纪录芽胞杆菌种类和9株芽胞杆菌新种资源。1)常规条件下,共分离获得了 621株菌,结合16S rRNA基因序列鉴定发现,隶属于11个属,69个种,其中有6株与其最近模式菌的相似性<98%,为潜在新种;2)温度55-60℃下,分离获得了 84株菌,经16S rRNA基因序列鉴定发现,隶属于8个属,26个种,其中有2株与其最近模式菌的相似性<98%,为潜在新种;3)利用NaCl浓度为20%的LB培养基,分离获得了 67株菌。通过16S rRNA基因序列鉴定发现,这67株芽胞杆菌隶属于3个属,9个种;4)从春夏两季漳州云霄红树林根际样本中分离获得了253株芽胞杆菌,结合16S rRNA基因序列鉴定发现,这些菌株隶属于7个属,55个种。三个地区沉积物样品中的芽胞杆菌种属分布特征差异显著,但优势属皆为芽胞杆菌。芽胞杆菌资源多样性Shannon(H’)指数次序为连江>霞浦>漳州。采用多相分类技术对1株芽胞杆菌潜在新种进行了分类地位的确定。结果表明:菌株FJAT-46582T好氧,芽胞端生,呈椭圆形,靠周生鞭毛运动,细胞大小为0.51~0.73×1.56~2.78 μm,革兰氏阳性。pH耐受范围是6.0~11.0,最适pH 8.0;NaCl浓度(w/v)耐受范围0~7%,最适NaCl浓度(w/v)为0%;温度耐受范围是10~30℃,最适温度 25℃。菌株 FJAT-46582T 脂肪酸主要成分为 anteiso-C15:0、iso-C15:0、anteiso-C17:0和C16:0,醌组分为MK-7(100%),细胞壁特征氨基酸组分为meso-DAP;极性脂组分主要为 DPG、PG、PE 和 PME。菌株 FJAT-46582T与其最相近模式为Bacillus thermotolerans SGZ-8T的16S rRNA基因序列相似性达97.55%,DNA-DNA杂交(isDDH)同源性为22.9%,平均核苷酸一致性(ANI)为72.3%,DNAG+C含量为44.2%。综合多相研究结果,表明菌株FJAT-46582T是芽胞杆菌属的新种,命名为Bacillusxiapuensis sp.nov.,模式菌株为 FJAT-46582T(=CCTCCAB 201747T)。
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