目的：本文在研究皖南某地级市城镇职工医疗保险（以下简称职工医保）、城镇居民基本医疗保险（以下简称居民医保）及新型农村合作医疗制度（以下简称新农合）的实施情况和某三甲医院医保患者住院费用的基础上，对该市不同医疗保障制度实施情况及不同医保制度下患者住院费用的差别作出分析与评价，为完善医保相关政策、确保医保基金安全提出科学参考依据。本文所指的不同医保就是这三种基本医疗保障制度。对象与方法：以皖南某地级市的职工医保、居民医保以及新农合，其次，该市某三甲医院2010年1月1日到2010年12月31日本地三类医保患者为研究对象，提取住院费用详细信息，分析不同医疗保障制度下患者住院费用的差别。此次研究采用文献复习、定性调查与定量调查的方法，查阅课题研究前的政策资料以及统计数据，通过专家论证、实地考证等方式，获取信息。结果：三类基本医疗保障制度逐渐完善，基本药品目录、基本诊疗目录和基本设施目录逐步完善；不同医保制度的保障水平不断上升，个人负担比例下降。从调查的结果来看，职工医保、居民医保及新农合患者的总体实际补偿水平分别为78.1%、52.0%、15.1%，三类基本医疗保障制度保障水平层次不一，城乡居民获得基本医疗保障水平差异比较大，职工医保保障水平远高于居民医保及新农合。从次均总费用来看，职工医保、居民医保及新农合的患者分别为8703.7元、6383.8元、6045.6元，新农合略低于居民医保远低于职工医保；通过不同医保患者次均补偿的比较，新农合(910.1元)最低、居民医保(3062.7元)其次，职工医保（6796.4元）最后，三者差异具有显著性。不同医保患者单病种住院费用比较分析，职工医保的次均总费用10055.7元高于居民医保（6919.1元），远高于新农合（5451.7元）。职工医保的次均总费用是居民医保的1.45倍，是新农合的1.84倍。职工医保过多的摄取卫生资源，不同医保卫生服务的公平性差异显著。虽然目前城镇居民医疗保险和新农合筹资水平在不断提高，待遇水平不断上升，但和参保人员的医疗保障需求还存在一定的差距。结论：政府首先应重点监控职工医保及居民医保住院费用支出的合理性，控制住院费用不合理上涨，其次，进一步优化不同医保患者住院费用结构，提高医务人员劳务价值。另外，政府应加大居民医保及新农合财政投入，促进卫生服务公平性。最后，改革居民医保及新农合医保支付方式，推进医疗服务质量进一步提高。