创新是推动经济发展的重要动力,高新技术企业承担着创新主体的任务,在创新过程中,创新资金作为重要财务资源对技术创新起保障性作用,创新活动的高风险性与创新过程的不确定性因素增大了创新资金合理配置的难度,带来风险。对创新资金配置风险管理有利于技术创新的顺利完成,促进企业的创新发展。风险的客观属性决定了应根据成本效益的原则,结合自身风险承受能力,合理进行创新资金配置风险管理,节约创新成本费用,提高创新资金配置效率,促进高新技术企业的可持续发展。创新资金配置风险根据其过程来源分为研究开发、产品生产和市场化三阶段创新资金配置风险,以三阶段风险为空间模型的三个维度,构建了创新资金配置风险可行空间模型,分析了可行空间模型中的风险高低分布规律,将可行空间进一步分为理想空间、安全空间和预警空间。在分析创新各阶段资金配置风险影响因素的基础上,设计了风险评价指标体系,选用熵权模糊综合评判方法对创新资金配置风险进行科学的测度。对誉衡药业进行实证分析,实证结果得出创新各阶段资金配置风险等级为中等,企业创新全过程的资金配置风险处于可行空间内部。基于创新各阶段资金配置风险的影响因素分析,提出有针对性的具体的创新三阶段创新资金配置风险控制机制。