行政协议案件的审理一直是实践中的难题,其被纳入行政诉讼的受案范围后审判模式和法律适用已发生诸多变化,又适逢民法典与行政协议新司法解释出台,在新旧法规交替之时亟需归纳整理,总结经验。因此本文从行政协议本身的复杂属性出发,介绍法律适用的理论和具体规范后,归纳行政协议在实践中的具体适用情况,并根据群案分析的结果和实践中适用法律所存在的问题提出改善的建议。据此,本文紧扣审判实践中行政协议案件的法律适用现状,分四部分详述之:第一部分首先介绍行政协议的两大属性,以及两大属性之间的博弈与融合。之后归纳了与我国审判实践相关且对我国审判实践有借鉴意义的学说与理论。最后是对我国行政协议案件规范的梳理,主要研究最高人民法院对此类案件的态度。第二部分是本文的重点所在,是对行政协议案件的实证分析研究。本文实证研究共分两步,第一步是对近五年行政协议案件审判实践现状的总结,包括纵向分析与横向分析两个方面。纵向分析即研究五年间行政协议案件适用法律规则和审判思路的变化,横向分析即是程序与实体两个层面的法律适用情况。第二步则是在第一步研究基础上的细化,研究不同种类的行政协议案件实体规则适用情况。最后得出结论,探究实然与应然的区别与联系。第三部分描述了上述实证研究过程中所发现的问题以及问题产生的原因,分为程序审查与实体审查中的问题。程序审查过程中存在的问题是没有按照法条规定先审查诉讼类型,做出区分,而是直接适用行政法规,导致部分案件直接被排除在诉讼之外。实体审查中存在的问题是混淆了法律适用的前提条件,忽视了当事人之间的合意。导致上述问题最主要的原因是实践中过于关注行政协议的行政性,忽略了民事性。第四部分是改善上述问题的路径探索,提出建立内部分流审理机制。内部分流审理并非指从行政庭到民庭的对接,而是指行政庭在收到行政协议案件后根据不同的诉讼类型分别适用不同的法规审理,区分“违约审查之诉”与“违法审查之诉”。类似于“民事的归民事,行政的归行政”,但又有所不同。违法审查适用行政法规审查是毋庸置疑的。重点在效力审查与违约审查上,这两种类型的案件不同于单方行政行为的审查,应当同传统行政行为案件区分开来,适用不同的规则审理。