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本论文采用线粒体分子标记（控制区和Cyt b基因）和核基因组分子标记（微卫星），分析了8个东方墨头鱼种群和12个纹唇鱼种群的亲缘地理关系及种群遗传结构。主要结果如下：1.基于线粒体分子标记的东方墨头鱼与纹唇鱼比较亲缘地理研究通过分析东方墨头鱼和纹唇鱼线粒体控制区部分序列和Cyt b基因全序列，研究两物种的种群遗传变异及亲缘地理格局。东方墨头鱼共分析7个河系8个种群共157个个体的线粒体序列1,887bp，包括控制区5’端部分片段750bp和完整的Cyt b片段1,137bp；纹唇鱼共分析10个河系12个种群共236个个体的线粒体序列1,888bp，包括控制区5’端部分片段751bp和完整的Cyt b片段1,137bp。结果为：（1）遗传多样性方面，在东方墨头鱼所分析的1887bp序列中，有110个变异位点（5.82%），包括60个简约信息位点（3.17%）和50个单变异位点（2.64%），110个变异位点共定义了88个单倍型，各种群单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.801-1.000（平均0.981）、0.00075-0.00468（平均0.00744）；在纹唇鱼所分析的1888bp序列中，有59个变异位点（3.12%），包括39个简约信息位点（2.06%）和20个单变异位点（1.05%），59个变异位点共定义了44个单倍型，各种群间单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.000-0.918（平均0.833）、0.000-0.00191（平均0.00233）。（2）亲缘地理关系上，东方墨头鱼个体NJ树分为3支，海南岛的昌化江种群单独聚为一支，纹唇鱼个体NJ树分为4支，昌化江种群的部分个体单独聚为一支，均显示出昌化江种群与其他种群亲缘关系较远。（3）种群分化及遗传结构方面，东方墨头鱼和纹唇鱼的遗传分化指数分别为0.649和0.428，均属于高度分化。AMOVA分析和SAMOVA分析显示两物种均具有显著的遗传结构，琼州海峡和五指山是东方墨头鱼的地理屏障，而纹唇鱼的地理屏障是云开大山。（4）种群历史动态上，中性检测与错配分析两种检测方法均显示两物种都经历过种群扩张，绘制贝氏天际线点图估算种群扩张时间，显示东方墨头鱼和纹唇鱼发生种群扩张的时间大约在1.8万年前和1.1万年前。2.东方墨头鱼和纹唇鱼微卫星引物的筛选及种群遗传结构研究（1）用生物素-磁珠富集法筛选两物种的微卫星分子标记。东方墨头鱼筛选出14对引物，用海南万泉河琼海（QH）种群23个个体进行多态性检测；纹唇鱼筛选出13对引物，同样用QH种群20个个体进行多态性检测。结果显示：东方墨头鱼，等位基因数目（NA）、多态信息含量（PIC）、观测和期望杂合度（HO和HE）分别为8-25、0.6788-0.9342、0.5652-1.0000和0.7179-0.9585，有4个位点显著偏离哈温平衡（HWE），经Bonferroni校正后各位点间未发现连锁不平衡；纹唇鱼，NA、PIC、HO和HE分别为10-21、0.8020-0.9354、0.7500-1.0000和0.8436-0.9628，偏离哈-温平衡及连锁不平衡现象均无发现。（2）各用13对引物对两物种种群进行遗传多样性及遗传结构分析，结果显示：①遗传多样性方面，东方墨头鱼，种群中平均等位基因数为11.923，平均等位基因丰度为10.001，所有种群的期望及观测杂合度分别是0.8581和0.8477；纹唇鱼，种群中平均等位基因数和平均等位基因丰度分别为12.090和14.385，所有种群的期望及观测杂合度分别是0.8720和0.8415。②种群分化及遗传结构上，两物种种群间均有极显著的中等及其以下水平的分化，用Structure软件，重建种群之分群结构，发现东方墨头鱼之最佳分群为四群，而纹唇鱼之最佳分群则为三群。③瓶颈效应分析显示，两物种均有种群曾经历过瓶颈效应。