医药卫生事业关系千家万户的幸福，是重大的民生问题。长期以来，我国医疗体制存在着诸多弊病，社会基本医疗保障体系不健全，尤其是小城镇和农村的医疗保障覆盖面极低。政府投入不足，医院只能以药养医。并且医药卫生总费用中，个人支付的比例逐年上升。以上诸多因素，导致了百姓“看不起病，吃不起药”。这里尤其要指出的是，近几年虽然在医疗费用构成中药费所占比重有所下降，但仍达到了50％以上。　　面对如此严峻的形势，深化医药卫生改革，加快医药卫生事业发展是社会发展的必然需求，也是我国不断努力探索的目标。2009年国家颁布了新医改方案，其总体目标就是建立覆盖城乡居民的基本医疗服务制度，为群众提供安全有效、方便廉价的医疗卫生服务。医药分离再次成为新医改政策中备受瞩目的一点。如何让药品更多的走向市场，在控制药品价格，保证药品质量的同时又兼顾到制药厂家的生存，这些都成为新医改政策启动后制药厂家需要面临的挑战。　　本文选择具有代表性的两家医药制药企业上市公司华润三九医药股份有限公司(以下简称华润三九或三九)和北京双鹤药业股份有限公司(以下简称北京双鹤或双鹤)作为研究对象，旨在通过财务比较分析，系统、全面反映两家公司在新医改大环境下的财务现状，进而预测两家公司未来的主要财务指标和发展前景。　　本文共六章。第一章概述研究背景，包括本文研究的背景、意义以及框架，以及制药行业的行业背景和公司概况;第二、三、四、五章分别通过财务比较构成、比率指标、财务报表、因素分解、财务政策、财务战略矩阵的比较分析，系统、全面反映两家公司的财务现状，从财务视觉找出两家公司的优劣势以及未来财务指标增长的关键，进而为预测未来财务数据以及发展前景提供参考;最后通过第六章总结本文研究的主要结论、建议和启示。　　通过本文分析可以看出，三九和双鹤是我国制药行业中的两家优质企业。总体而言两家公司都有着不错的盈利能力和创值能力，可以为股东带来优质的回报。各项财务指标大部分都能优于医药行业甚至各自所在子行业的平均水平。总体而言，三九公司销售增长方面较为进取，有着很好的投资回报率和增长潜力。2008年起有着较高的现金分红的同时，仍能有足够的自有资金维持快速增长。而双鹤的发展趋于保守，稳健有余劲头不足。销售收入增长缓慢，利润率较低。　　未来的发展两家公司都可能出现资金不足的情况。现有的财务政策和战略也要进行适当的调整和改进。首先应减少现金分红，由于有着良好的发展前景，用股利分红代替现金分红是个不错的选择，将资金更多地留在企业内。其次不断加强OPM战略，大力提升营运资本的管理能力。再次，提高银行资本的使用程度，适当增加贷款，降低WACC，提高企业创值能力。在每股现金含量大于每股净利润时，可以采取合理增加负债来降低WACC推进企业的成长。