我国自1994年新税制以后,规定对农业生产者在销售自产初级农产品时享受免税政策,这样既减轻了农业生产者的税负,又鼓励和调动其生产积极性,是一项利农惠农的好政策。该政策规定农产品收购企业可自行开具农产品收购发票,进而计算抵扣进项税额。农产品收购发票只能开具给农业生产者,增值税一般纳税人如果向小规模纳税人购买农产品,可凭发票按13%税率计提进项税额。但是,根据实际执行下来的情况表明,由于缺乏有效的监督和管控,虚开发票抵扣税款的现象频频发生,甚至一发不可收拾。一些企业通过虚构农产品收购业务,利用政策特点自开自抵农产品收购发票,形成了向下游环节虚开增值税专用发票的空间,从而可以使国家税款流失,对经济发展产生相当严重的影响。本文首先从信息不对称理论,治理理论,国内外增值税制度的状况及相关研究进行综述,以及我国增值税的发展和演变进行阐述,引出对增值税专用发票在农产品收购企业中的运用并进行分析。由于增值税专用发票在我国是增值税的特殊体现,外国几乎没有增值税专用发票的使用,也缺乏此类研究。因此,外国的此类研究仅以增值税代替。本文在关于农产品税收优惠政策的实证研究中,使用了云南省实际发生的税收案件作为案例研究,数据均来自近年云南省税收违法案件统计情况。实证研究表明,由于现行政策存在漏洞并易被不法分子所利用,如何从根本上扭转这一局面值得我们深思。