原生生物是海洋浮游生物群落的主要组成部分,在海洋生态系统中占有十分重要的地位:真核藻类是海洋初级生产力的重要来源;原生动物通过摄食将物质和能量通过微食物网向更高营养层传递,原生动物摄食产生的颗粒有机碳通过物理沉降的方式埋藏于深海从而贡献于生物泵;原生动物通过改变浮游植物和细菌的群落组成,从而调节海洋生态系统平衡。因此,原生生物在海洋中扮演着十分重要的角色,是海洋中物质循环、能量流动和信息交流的重要纽带,在维持海洋生态系统平衡中发挥着不可替代的作用。近些年高通量测序技术的发展,使得我们用较低的成本就可以快速地获得几十万到几百万条环境样品序列,从而为更深入研究微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等提供了条件。同时,有研究表明,微型真核生物群落结构在RNA水平上比DNA水平上对环境变化更为敏感。本研究基于高通量测序技术对微型真核生物18S rRNA V9区域进行测序,探讨热带/亚热带不同环境中活跃的原生生物其群落多样性、时空分布及对环境因子的响应。本研究主要结果如下:(1)对珠江口水域原生生物群落多样性及其对环境因子的响应进行研究,结果如下:1)珠江口原生生物多样性在少盐水区最低,沿珠江口盐度梯度,原生生物多样性分布模式接近经典的Remane模型。2)Stramenopiles在低盐度水区相对丰度最高,并随着盐度升高其相对丰度逐渐降低;Alveolata、Hacrobia和Rhizaria随着盐度升高相对丰度逐渐增加。3)盐度是导致珠江口原生生物群落组成差异最主要的环境因子。(2)对夏季南海断面活性原生生物群落多样性及其对环境因子的响应进行研究,结果如下:1)表层、叶绿素最大层(DCM,Deep Chlorophyll Maxima)和深层群落结构显著不同。2)表层原生生物主要以硅藻为主,DCM层和深层主要以浮生藻纲、MAST(MarineStramnopiles)和纤毛虫为主。3)物理因子(深度、温度和盐度)是影响南海断面原生生物群落分布的主要因子。4)丰富种和稀有种丰度占比在样品中较为一致,但群落聚类并不一致,稀有种群落对环境变化的响应更为敏感。(3)对厦门近岸6个站位不同季节Nano与Pico两个粒径原生生物群落多样性及其对环境因子的响应进行研究,结果表明:1)不同月份、不同站位和不同粒径,原生生物群落多样性存在显著差异。2)原生生物群落年际变化主要受温度制约。5、7、9月份,Nano粒级的原生生物主要以硅藻为主。7、9、1月份,Pico粒级的原生生物主要以绿藻为主。3)不同月份,原生生物群落受不同环境因子的制约。总体来讲,原生生物群落受到粒径、氮磷营养盐浓度、水温、pH以及生物因子(病毒丰度、细菌丰度以及聚球藻丰度)的影响。4)丰富种和稀有种的原生生物分布模式,在以月份为尺度的年际变化上存在差异。时间尺度的充分采样是研究丰富种和稀有种丰富度和多样性的基础。以上三个研究,涉及到了热带/亚热带典型海区在空间(水平方向:河口-外海,垂直方向:表层-DCM层-深层)、时间(以月为单位的年际变化)以及粒径(Nano和Pico)的较为系统研究,有助于我们深入了解热带/亚热带海洋生态系统中活性原生生物群落多样性,并了解环境因子对原生生物群落变化的调控。