[目的]利用分子溯源技术分析MSM人群HIV基因亚型情况,结合流行病学调查,推断MSM人群HIV感染者之间的传播关系和传播方向,发现传染源,追踪传播轨迹。结合传播的相关危险因素,识别传播风险,提高MSM人群HIV防控的精准性。[方法]依托中美艾滋病防治合作项目中的MSM人群HIV感染者溯源检测效果评价项目,对本项目2018年3月～2018年8月在昆明市彩云天空健康咨询服务中心收集到的HIV阳性样本进行分子溯源分析。通过提取血清样本中的病毒核酸,进行巢式PCR扩增gag、po1、env三个基因区片段(片长依次为1100bp、1300bp、500bp),然后进行普通测序,对测序结果进行分析,确定基因亚型,发现彼此间的相关性。然后根据流行病学调查和普通测序结果,对存在疑似传播关系的样本进行高通量测序,选取env基因区作为目的片段,对测序结果进行分析。根据疑似传播关系样本HIV毒株间的基因相似性和准种群分布,推断彼此间的传播关系和传播方向。[结果]本次调查共发现83个HIV感染者,新报告78例(其中9例为溯源发现的感染者),既往阳性者5例。平均年龄为28岁(16～50岁),以16～35岁为主;文化程度大专及以上占比最大(49.4%);职业以服务业为主(42.2%);性取向中双性恋占12%。83份感染者样本通过流水编号,提取核酸,然后进行巢式PCR扩增。其中gag基因区获得序列63份,po1基因区73份,env基因区54份,最终得到样本有效序列76份,扩增成功率91.57%(76/83)。所获HIV基因亚型主要包括CRF07_BC、CRF01 AE,合占 73.68%(56/76),URFs 亚型占比 18.42%(14/76),主要有 CRF01_AE/BC、CRF01_AE/C、CRF07_BC/CRF01_AE、CRF01_AE/B。通过对gag、po1、env三个基因区亚型和系统进化树的综合分析,推测有10组共22份样本之间可能存在相关性。其中与流行病学调查一致的样本有4组,包括样本24、25;样本52、53;样本64、65及样本35、82。另外流行病学调查未发现传播关系的感染者中,有6组可能存在相关性:样本01、08、36、67;样本18、33;样本21、50;样本11、12;样本30、54及样本69、72。具有相关性的22份样本,高通量成功扩增19份,其中样本01、52、64未扩增成功,最终高通量成功扩增的样本中包含8组有相关性的样本。19份扩增成功的样本全部测序成功,获得原始序列共60万余条。分别得到有效序列18871～52144条(平均33745条)。剔除重复序列后,最终19份样本获得独特准种群101～619个(平均437个)。取排列前20的优势准种,构建系统进化树,显示8组有相关性样本中4组样本准种序列聚集成簇,可信度大于99%,具有高度相关性,包括样本11与12;24与25;21与50;18与33。其中有2组样本存在并系关系,为样本11与12;24与25,说明样本间存在直接的传播关系。另外4组样本,其中样本69与72准种序列虽然聚集在一处,但是可信度较低(26%);而其他3组样本08、36、67、30、35、53、54、65、82准种独立成簇,基本排除传播的可能。4组具有高度相关性样本结合流行病学调查发现,临时性性行为在传播过程中担任着重要的角色,MSM人群HIV传播过程远比目前提供的线索要复杂。另外未成功动员性伴进行检测的原因是不愿意动员、无法联系到对方以及愿意动员但又担心暴露了自己的感染状况而动员失败。[结论]1.MSM HIV感染者基因型构成复杂,主要基因型为CRF07_BC、CRF01_AE及URFs。2.通过分子溯源技术证明本次流行病学调查中提示的传播关系相关性不高,提示MSM人群HIV传播过程复杂,只有流行病学调查与实验室检测技术结合分析,才能更好的了解MSM人群的传播轨迹,识别传播中的具体风险因素,进而提出针对性的防治策略,实现对于艾滋病的精准防控。3.分子溯源分析发现否认有临时性性伴的感染者最终被固定性伴以外的性伴传播或与固定性伴以外的性伴具有高度相关性,提示MSM人群多性伴和临时性性行为频发。4.本次性伴挖掘阳性发现人数较少,提示今后的溯源调查中,应采用多种方法进行溯源,扩大溯源范围,提高溯源技巧及质量。