当机体受到外界抗原刺激时会产生体液免疫应答,抗原中能被B细胞抗原受体识别并发生结合的序列就被称为B细胞表位。B细胞表位的准确定位对于制备有效的疫苗是非常重要的。通过实验的方法进行表位预测费时费力,而且成本很高;因此利用计算机来进行B细胞表位预测的方法以其低成本、高速度的特点受到了广泛的应用。近年来,基于模拟表位的预测已成为一个焦点,并有很广阔的发展空间,一些新的软件和Web服务平台已被提出并已成为了成功案例。在本文中,我们提出了一种新的基于模拟表位的B细胞表位预测算法,主要的工作是在基于氨基酸对的预测思想的方法研究基础之上,进一步引入基于patch分析的思想,将两种方法相结合从而实现B细胞表位的预测。本算法首先将模拟表位划分为连续的氨基酸对,其次将抗原表面划分为重叠的patch,通过引入一个参数来定义patch中合法的氨基酸对,最后将这两步得到的氨基酸对进行匹配打分从而选出最优patch,这个patch中包含的氨基酸残基将作为本文算法预测出的候选表位。本算法从基于模拟表位的B细胞表位预测基准数据集benchmark 2.0中选取了39条数据作为本文的测试数据集。在测试数据集上,该方法的敏感性达到0.53,特异性达到0.77,准确性为0.75,F值为0.45。通过与基于氨基酸对的预测方法,基于patch的预测方法以及其他基于模拟表位的预测方法比对,本文算法的性能有了显著改善。结果表明将patch与氨基酸对相融合的B细胞表位预测方法是成功的而且有效的。