半纤维素在苎麻原麻胶质中占比最大,是脱胶过程中最难去除的成分,已成为造成脱胶污染和阻碍苎麻产业发展的瓶颈。降低原麻半纤维素含量是苎麻品种选育研究的重要任务。针对苎麻半纤维素含量遗传机理不明、候选基因及其功能分子标记缺乏的问题,本研究在明确原麻不同部位各组成成分差异,及不同剥制方式引起的各成分差异基础上,利用前期构建的关联分析群体,在头麻、二麻两个环境下,对苎麻进行全基因组关联分析。挖掘与半纤维素含量相关的基因与分子标记。主要研究结果如下:1、以中苎3号、中苎4号、中苎5号、中苎6号、X2016-Ⅱ5个品种为材料,研究了原麻梢部、中部、根部三个部位不同化学成分含量的差异,结果表明不同部位的脂蜡质、木质素、水溶物、果胶、半纤维素含量均为梢部最高,中部和根部差异无明显规律;除中苎4号外,纤维素含量均为中部最高。由于除纤维素外的化学成分均会影响纤维品质,而苎麻原麻中部纤维素含量高且半纤维素含量适中,因此在后续测定原麻半纤维素成分时,应选择原麻中部测定,避开梢部。同一部位不同品种间比较表明,水溶物和果胶含量最低的品种均为中苎3号,脂蜡质和半纤维素最低的为X2016-Ⅱ,木质素含量为中苎6号最低,纤维素含量最高的是中苎3号,半纤维素含量最高的品种是中苎6号。2、以中苎3号为材料,通过手工简易刮麻器、回拉式剥麻机、反拉式剥麻机3种剥麻机剥制,研究不同剥制方式所导致的原麻纤维品质及产量的差异,表明不同剥麻机剥制原麻产量与品质存在显著差异。3种剥麻机剥制的原麻颜色均偏黄色,手工简易刮麻器剥制的麻纤维颜色最鲜亮,反拉式剥麻机剥制的原麻红色最深;手工简易刮麻器剥制麻与回拉式剥麻机剥制麻出麻率无显著差异,显著低于反拉式剥麻机剥制麻,但反拉式剥麻机出麻率较高的原因主要是总胶质含量较高(28.21%),其中半纤维素含量显著高于两者;不同剥制机械所获原麻的单纤维强力也存在显著差异,由高到低依次为手工简易刮麻器>回拉式剥麻机>反拉式剥麻机。因此,手工简易刮麻器剥制麻质量在3种剥麻机剥制麻中质量最好,后续试验中关联群体样品的剥制采用手工剥麻机剥制。3、利用1,336,689个SNPs对苎麻种质的头麻和二麻半纤维素含量进行全基因组关联分析,以-lg(P)>6.64为阈值,在头麻中检测到7个显著性关联SNP位点,分别位于1号、4号、8号以及14号染色体上。在二麻中检测到68个显著性关联SNP位点,分别位于1号、2号、5号、10号、11号以及13号染色体上。未检测到在两个环境中均显著的SNP位点,但是在两个环境的不同位点均检测到β-半乳糖苷酶基因。头麻和二麻种质中共检测到9个可能与半纤维素含量相关的候选基因,头麻中特异性检测到编码α-甘露糖苷酶的两个基因,以及1个NAC结构域的转录因子基因;二麻中特异性检测到MYB家族转录因子APL基因,葡萄糖醛酸基转移酶基因,以及β-1,4-木糖基转移酶基因IRX9H各一个。