2015年12月,中共中央办公厅、国务院办公厅《关于实行审计全覆盖的实施意见》等相关配套文件的印发,明确了审计“全覆盖”的要求,表明国家治理对政府审计的需求进一步增加,而当前政府审计资源严重不足,扩大的审计需求与有限的审计资源之间矛盾日益凸显。探究政府审计效率的影响因素,促进审计效率的提升是解决这一困境的有效途径。借鉴系统论等经典理论,立足当前少有关注的相关部门协同治理这一视角,探究政府审计效率的影响因素。构建一个相关部门与审计机关的协同治理通过影响政府审计产出或投入进而影响政府审计效率的理论框架,在此框架下分别论述司法机关、纪检监察机关、主管部门与审计机关的协同治理影响政府审计效率的作用机制,并用地方审计机关的数据予以检验。结果发现,政府审计效率的高低受到不同部门与审计机关协同治理程度的影响。司法机关、主管部门与审计机关的协同治理程度和政府审计效率显著正相关;纪检监察机关与审计机关的协同治理程度和政府审计效率间的相关关系不显著,可能的原因在于当前此两方的协同治理程度过低。立足理论分析与数据结论,本文从强化思想观念意识、完善法律制度体系、建立联动工作机制、推动信息传递共享、引入社会监督力量五个方面提出对策建议,以期促进相关部门与审计机关的协同治理,保障政府审计效率的提升,促进审计“全覆盖”的实现。