驴(Equus asinus)作为家畜中的重要一员,伴随着人类文明发展的历程,在饮食、农耕和运输等领域做出了巨大贡献。近年来,随着以阿胶为代表的健康产业的发展,驴皮的价格持续走高,同时驴肉及驴奶的营养价值也慢慢被消费者接受与认可,养驴效益逐年提高,养驴业已成为我国特色畜牧业的重要组成部分。但由于长期以来驴产业不受重视,没有皮、肉、奶专门化品种,驴相关经济性状遗传基础研究缺乏。因此,本研究通过对6个不同类型的中国家驴品种群体进行全基因组混池重测序,进而进行选择信号的分析,获得了与驴体尺发育、毛色等性状相关的候选基因,结果如下:(1)以6个地域分布不同、表型差异较大的品种为研究对象进行二代基因组重测序,包括无血缘关系的德州驴9头、和田青驴10头、关中驴10头、库伦驴10头、青海驴9头、以及新疆驴9头,测序深度为10 X,原始数据经处理后一共得到201 Gb的全基因组重测序有效数据。然后再与驴的参考基因组(Equus asinus ASM130575v1)进行比对分析,共获得700多万个单核苷酸多态性(SNPs)变异信息,每组平均400多万个。接下来进行了主成分分析(PCA),结果显示关中驴与和田青驴先聚在一起且它们与库伦驴遗传距离很近,其他三个品种驴与关中驴、和田青驴、库伦驴距离都较远且它们之间也相距较远。这一结果与这6个家驴品种的驯化历史、表型特征以及之前的研究报道都相符;(2)对6个家驴品种基因组之间的变异信息进行对比分析,使用的滑动窗口大小为50 kb,滑动步长为10 kb,通过计算群体固定指数和杂合度等参数的方法进行了选择信号的分析研究,定位到了11个受选择区域,基因注释结果表明它们与毛色、体尺、运动和高原适应性相关。其中与毛色相关的基因为ASIP和KITLG,与体尺相关的基因为ACSL4、BCOR、CDKL5、LCOR、NCAPG和TBX3,与运动相关的基因为GABPA,与高原适应性相关的基因为GLDC和HBB;(3)同时我们也对每个品种特有的受选择基因上的候选的功能SNPs进行了分析,发现有三个家驴品种在基因(GLDC,ASIP,CDKL5和ACSL4)保守区域存在品种特有的突变位点。青海驴(GLDC和CDKL5),德州驴(ASIP),新疆驴(ACSL4)的这些突变位点很可能和特定表型相关;目前,利用重测序数据对中国家驴品种的选择信号的研究还很少,本研究利用6个家驴品种重测序数据进行分析,获得了与品种表型相关的11个受选择基因组区域,其中4个受选择基因区域携带有品种特有的候选功能SNP位点。这些位点将为下一步开发驴分子选育标记奠定基础。