创新驱动发展是一个地区或国家的重要课题,高效合理配置创新资源有利于推动自主创新能力的提升,区域产业同构影响创新资源的调配,因此研究粤港澳大湾区产业同构如何影响自主创新能力具有实际价值。根据社会制度及经济发展水平,本文将粤港澳大湾区分成三个城市组别:第一组2个城市（香港、澳门）、第二组3个城市（广州、深圳、珠海）、第三组6个城市（佛山、东莞、惠州、中山、江门、肇庆）,通过搜集整理2006～2016年度相关数据,利用主成分分析法、灰色关联分析法以及多元回归分析方法,实证分析了粤港澳大湾区产业同构与自主创新能力之间关系。主要研究内容和结论如下:（一）构建了自主创新能力评价指标体系,利用主成分分析法,对粤港澳大湾区各城市2006～2016年的自主创新能力进行测算。测算结果发现:第二组城市自主创新能力位于大湾区前列,深圳表现突出;第一组城市自主创新能力处于大湾区中下水平,有待加强;第三组城市自主创新能力内部发展不均衡,大部分城市的自主创新能力仍有待加强,中山和佛山排名较前,肇庆处于大湾区最低水平;粤港澳大湾区各城市间自主创新能力的发展不均衡并逐渐拉大趋势,主要原因为创新资源的分配不合理、创新要素流动不顺畅,“先强带后强”的创新联动协同机制还未形成。（二）采用灰色关联分析法,测算各城市2006～2016年的灰色关联度,以评价大湾区不同城市的产业同构程度。测算结果发现:第一组城市与大湾区其他内地城市具有较强的产业互补性,持续发展自身特色产业能够提高自身竞争力;第二组城市中,深圳和珠海的区域产业优势逐渐形成,产业协同发展水平不断上升;粤港澳大湾区整体产业同构程度较高,其中基础产业较为突出,属于合意性趋同;粤港澳大湾区生产性服务业同构性较强,并且出现同质化趋向,地区间互补性下降,属于非合意性趋同;粤港澳大湾区消费性服务业区域发展差异较大,是未来的产业发展重点。（三）根据自主创新能力和产业同构的测算结果提出了粤港澳大湾区产业同构与自主创新能力之间关系的研究假设;利用多元回归分析方法,考察不同样本中产业同构与自主创新能力的关系,并对五个研究假设进行检验;同时根据实证和检验结果提出了相关建议。（1）第一组城市的产业同构与自主创新能力存在“倒U型”的非线性关系;第二组城市的产业同构与自主创新能力存在“U型”的非线性关系;第三组城市的产业同构与自主创新能力的关系为负相关;粤港澳大湾区整体的产业同构与自主创新能力的关系为负相关。（2）第一组城市R&D投入强度对自主创新能力的影响为负,主要原因是投入产出率不高且缺乏工业创新平台;第二、三组城市以及粤港澳大湾区整体三组样本的R&D投入强度对自主创新能力影响为正。（3）第一组城市的外贸依存度对自主创新能力的影响为正,原因是受到大体量贸易的规模效应的影响;第二组城市的外贸依存度对自主创新能力的影响为正,原因是受到中高端制造业的“进口中学习”效应以及“干中学”效应的影响,同时第二产业比重逐渐下降;第三组城市的外贸依存度对自主创新能力的影响为负,主要原因为第三组城市在参与国际分工时,处于全球价值链中低端,中间品加工中的创新溢出效应十分弱;粤港澳大湾区整体的外贸依存度对自主创新能力的影响为正,主要原因为粤港澳大湾区具备了自主创新能力发展的基本条件,地区间逐渐实现的人、物品、信息的互联互通,产业升级进程得到推进。（4）第一组城市工业总产值对自主创新能力的影响为负,原因是第一组城市的工业总产值主要来源于服务于转口贸易的加工工业,且受到全球价值链俘获效应的影响;第二组城市工业总产值对自主创新能力的影响为正,原因是第二组城市的中高端工业为创新提供了良好的孵化平台和生产基地;第三组城市工业总产值对自主创新能力的影响为正,主要原因为第三组城市绝大部分城市第二产业比重占据优势,为创新成果转化提供了有利条件;粤港澳大湾区整体的工业总产值对自主创新能力的影响为正,主要原因是大湾区已基本实现创新资源的互联互通,各地已基本形成较为合理的产业布局。