2012年3月14日第十一届全国人民代表大会第五次会议通过了《关于修改(中华人民共和国刑事诉讼法)的决定》(第二次修正)。在刑诉法修正案草案刚刚开始征集意见的阶段,中国政法大学终身教授陈光中在凤凰资讯网发布会上指出,《刑事诉讼法》立法的根本目的在于惩治犯罪和保障人权,但应更侧重于保障人权,尤其是犯罪嫌疑人、被告人、以及被判刑人的权利,因为“他们是弱者,无力对抗公权力,所以应该重点保护”。补充侦查制度作为刑事诉讼法的重要组成部分,为案件的质量保证发挥着无可替代的作用,在保障人权方面同样意义深远。但是,在审查起诉阶段,我国现有的补充侦查制度设计存在缺陷。笔者统计了近两年来经过退补程序案件的数量,并针对各项数据进行了分析,总结出当前我国补充侦查制度存在以下三个方面的缺陷,一是程序启动和退补内容具有随意性；二是对退而不补缺乏有效的制约机制；三是案件问责机制不健全。上述缺陷导致了在实践适用中,补充侦查制度成为了执法者拖延时间、推诿责任、侵犯人权的合法外衣。如何保证制度最终能回归立法者的设置原意,确保制度的有效实施,有待我们积极探索。笔者撰写此文旨在结合实践中的一些探索方法将上述问题进行完善。应当通过明确退补案件和自行补侦案件的条件和范围；区分移送漏罪、移送漏犯的补充侦查方式；建立有效的奖惩机制；完善对不诉案件的考核机制；进一步规范补充侦查法律文书制作；加入案件讨论机制；引入争议解决程序制度等方面来完善审查起诉阶段补充侦查制度。