由于我国实行了城乡有别的户籍制度以及城乡二元经济社会结构的政策，在农村经济体制改革后，传统的农村合作医疗陷入了解体并且难以恢复的境地。广大农民的医疗得不到有效保障，成了困扰农村发展的突出问题。随着我国改革开改的进一步深化和经济的不断发展，解决广大农民的医疗保障问题在新世纪初便提上日程。　　2002年10月，国务院在《关于进一步加强农村卫生工作的决定》中首次做出了建立新型农村合作医疗制度的决策，要求在2010年建立基本覆盖全体农民的新型农村合作医疗制度。从此我国农村医疗保障事业翻开了新的一页。　　自新型农村合作医疗在全国试点以来，农民参合率逐步提高，农民“因病致贫，因病返贫”的现象基本得到缓解。新型农村合作医疗补偿机制是新型农村合作医疗的核心问题，对整个制度安排起到至关重要的作用。它关系到参合农民的受益面和受益程度，关系到农民参合的积极性，也关系到新型农村合作医疗的可持续发展。　　虽然全国东中西部都同时建立了新型农村合作医疗制度，但是在新农合制度设定的时候并没有统一补偿模式与补偿标准，各个地方根据本地的实际情况进行设定，所以各个地方新农合的补偿标准与实际发生的受益情况存在着差异化的情况。基于不同的经济发展水平和不同的区域位置，本文主要是对东、中、西部不同地理位置和不同经济发展水平的广东省、湖北省和甘肃省的新农合补偿机制进行对比分析。首先是分析三省的新农合补偿机制的现状，然后是横向和纵向对广东省、湖北省和甘肃省的新农合补偿机制进行对比分析，分析自各地方实践的共性和差异性，找出各省新农合补偿机制实践的特点、优点、存在的困难和挑战。最后针对新农合补偿机制取得的进展及其存在的问题，相应提出改进和完善新农合补偿机制的建议，以推动新型农村合作医疗的进一步完善和可持续发展发展。