医疗改革是一个世界性难题。发达国家面临的最大挑战是人口老龄化——不断攀升的养老金支出和医疗保健成本。医疗改革在中国同样是热点和焦点。我国的医疗改革从1978年开始至今,历时30年,在取得成就、积累经验的同时,仍存在一系列的问题,概括地讲,即“看病贵”和“看病难”。公立非营利医院是中国医疗服务体系的主体,对公立医院的改革一直是医疗改革中的难点。新医改明确指出政府将推进公立医院改革试点和公立医院补偿机制改革,逐步取消药品加成收入。在这种形势之下,对公立非营利医院资金补偿机制的研究是十分必要的。本文不仅仅局限于对理论和政策的定性分析,而是将系统动力学的理论和方法运用于公立非营利医院补偿机制的研究中,建立了我国公立医院资金补偿的模型,并用真实的数据对现实情况进行了动态模拟,通过对模拟和干预的结果进行定量分析,对各种补偿收入的互动与协调进行了研究,从而为公立非营利医院补偿机制的改善提供了一些可能的建议,包括公立非营利医院自身必须加强成本控制,政府要合理投入政府补助、加速进行政策调整,必须合理定价,调控医疗服务收入和药品收入的比例以及拓展公立医院的补偿渠道等。