同治年间新疆维族反清斗争，一直是史学界关注的问题。对此，以往的诸多著作及论文多数认为新疆维族反清是以推翻清政府的统治为目的，属于反封建的农民起义。笔者认为新疆作为伊斯兰教最早传入我国的地区，随着明末近代维吾尔族的形成及伊斯兰教神秘主义苏非派的传播、发展，在维族内部逐渐产生了民族自我管理、自我发展的要求，并形成了实现这一要求的组织形式—苏非派教团组织。苏非派教团组织赋予维族社会一种组织联系，并在一定程度上实现了对本民族事务的自我管理。有清一代，清政府为了维护和巩固其对新疆地区的统治，无视这种起自维族社会内部的合理要求，采取压制政策，导致新疆地区民族矛盾的激化，最终引发了同治年间新疆维、回各族的反清斗争。斗争中，各族人民为争取民族发展与民族自我管理的权利不懈努力，并一度希望借助拥有“圣裔”的浩罕国的帮助而达到这一目的，但阿古柏的倒行逆施使他们的这一梦想不但未能实现，反而遭受到了较清王朝更为强烈的民族压迫。当各族人民认识到阿古柏的侵略本质后，奋起搏击，为维护民族权利、国家统一与外国侵略者进行坚决的斗争。因而，同治年间新疆维族反清斗争的根本目的是为了争取民族自治的权利而并非是要反对清政府的统治。 基于以上的认识，本文试从新疆维族社会及其宗教组织的发展；清政府的治疆政策及其矛盾；新疆维族反清斗争的性质、目标以及反清斗争的影响等四个方面揭示笔者的观点。