国有资本经营预算审计（以下简称国资经营预算审计）是财政审计的重要组成部分，也是国有企业审计的重点内容，与完善政府预算体系、规范国有资本出资人的收支行为、推动国资国企改革息息相关。2007年9月，国务院发布了《关于试行国有资本经营预算的意见》,规定部分中央企业于2007年开始试行国有资本经营预算（以下简称国资经营预算）。实施以来,对国资经营预算审计的理论研究与实务操作便已开始,但是理论研究与实务操作有脱钩现象。目前，国资经营预算审计还存在诸多难点和问题，不仅受限于审计制度和审计环境等宏观因素，也受到现有审计技术和审计方法的影响。　　立足于国资国企改革、预算管理制度改革以及“十三五”审计工作发展的背景，本文引入委托代理理论、信息不对称理论以及国家审计免疫系统理论，采用访谈、案例研究与比较分析等方法，对现行制度环境下的国资经营预算审计目标、重点及审计方法开展分析性研究。通过分析宏观政策与微观环境，提出国资经营预算审计面临的四方面问题。一是体制层面：审计外部环境的影响。主要体现在行政型审计模式限制了审计的独立性，法律赋予国家审计的职责权限不充分，审计公开中对外沟通机制不够畅通，审计参与国家治理的风险性日益加剧等方面。二是执行层面：审计方式方法的约束。主要体现在国资经营预算支出项目绩效审计评价体系缺乏，审计理念和审计技术方法不能满足发展的需要，改革对国资经营预算审计提出了新挑战等方面。三是团队层面：现有审计力量的限制。主要体现在审计人力资源有限，能力素质尚待提高等方面。四是发展层面：协同审计效应不足。主要体现在审计机关内部的协同性不够深入，国资经营预算监管整体性功能发挥不够充分等方面。　　其后，借鉴国内外国有企业审计及政府绩效审计、预算执行审计经验，对标中央国资经营绩效评价的要求，提出四项完善国资经营预算审计的主要对策建议，包括加强和优化审计环境、推动理念方法创新、加强人员素质培训、构建国家审计协同治理能力框架体系。每项对策建议都细化到若干具体措施。通过研究，希望为构建国资审计和公共财政审计的大格局，切实发挥审计建设性作用提供参考。