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西瓜(Citrullus lanatus)是一种在世界范围内广泛种植的园艺作物,中国是西瓜最大的生产国和消费国,其果实相关性状是育种工作的重点。现有的西瓜遗传图谱标记饱和度较低,且作图群体多为临时性分离群体,限制了西瓜重要农艺性状的基因/QTL定位研究。本研究通过对重组自交系(Recombinant inbreed line,RIL)群体进行全基因组重测序,利用重组bin构建了一张西瓜高密度遗传图谱。对西瓜果皮颜色、种皮颜色和果实苦味3个性状进行了初定位分析,并通过后续精细定位等过程进行候选基因的确定。获得的主要结果如下:1.以西瓜自交系‘9904’和‘Handel’为亲本经过七代连续自交,创制了含126个单株的重组自交系群体。通过对RIL群体和亲本进行全基因组重测序构建了一张西瓜高密度遗传图谱。图谱包含11个连锁群,总长度1508.94 cM,由2 132个重组bin标记组成,平均图距0.74 cM。对西瓜果皮颜色、种皮颜色、果实苦味等质量性状基因进行了初定位。果皮颜色、种皮颜色、果实苦味各定位到一个显著性位点,分别位于8、3和1号染色体上。2.对控制果皮颜色(墨绿色vs浅绿色)的候选基因进行了精细定位,候选基因被缩小到31.4 kb的区间,区间内仅有4个基因。通过在亲本中进行序列比对我们发现ClCG08G017810在C DS上存在一个非同义SNP突变。根据该SNP位点设计了一个CAPS标记并在103份西瓜种质资源中进行验证,结果表明该标记与西瓜果皮颜色表型紧密连锁。基因表达分析表明该基因在‘9904’中具有较高表达。根据基因功能注释,该基因编码2-phytyl-1,4-beta-naphthoquinone methylt ransferase,催化叶绿醌的生物合成。确定该基因为控制西瓜果皮颜色(墨绿vs浅绿)的候选基因。3.对控制种皮颜色(黑色vs浅黄色)的候选基因进行了精细定位,候选基因被缩小到70.2 kb的区间范围,区间内仅有3个基因。通过在亲本中进行序列比对发现在‘9904’(浅黄色种皮)中,Cla019481的CDS区域存在1个碱基的插入,造成了移码突变,导致翻译的提前终止。Cla019481为编码多酚氧化酶的功能基因。在黑色种皮中检测到显著高的基因表达和多酚氧化酶活性。因此推测,亲本中种皮颜色差异的形成是因为Cla019481的在亲本种皮的差异表达,导致在‘Handel’(黑色种皮)具有较高的多酚氧化酶活性,多酚氧化酶催化多酚类物质生成黑色素。4.对控制果实苦味的候选基因进行了精细定位,候选基因被缩小到116.7 kb的区间内。通过在亲本中进行候选基因的序列分析,发现‘Handel’(无苦味)中Cla011508的CDS区域存在一个无义突变,导致翻译的提前终止。该基因与黄瓜中控制苦味物质合成的转录因子Bl是同源的,因此推测该基因为控制西瓜果实苦味的候选基因。