自从20世纪80年代在我国农村开始实行家庭联产承包责任制以来,经济体制的变革也给农村的基层管理体制带来了变化。在改革的过程中,传统的乡绅治村模式和先前的人民公社化制度都被一一废除,乡镇政府和村民自治组织代之建立,基层民主也随之得到了普遍发展。村民自治制度是我国的基本政治制度之一,它是具有鲜明的中国特色的社会主义的民主政治的重要内容,我国很多地方的基层政府都在结合本地实际情况的条件下积极探索并创新村民自治的实现形式从而建立符合当地实际的村民自治模式并取得了一定的成效。以村委会为代表的村民自治组织的出现是实现乡村自治的重要举措,村委会具有两大重要职能,对内管理村庄各项公共事务,调解村民矛盾,维持村庄秩序,对外作为村民与镇政府之间的联系和纽带,协助乡镇政府的基层治理工作,但在现实生活中,由于村委会的“行政化”倾向以及乡镇政府的过度干预等因素的影响,导致很多地方的村民自治发展得并不健全,继而产生社会冲突。对此,本文选择了启东市北新镇的两个冲突事件作为案例进行研究,这两个案例发生在同一区域且间接导致了北新镇双仙村村委会的重组,因此具有一定的代表性。本文主要采用案例分析法和比较研究法,全文立足于村委会,运用了调查问卷法和访谈法,从村委会的内外功能出发分析了农村基层冲突的发生背景、影响因素、冲突方式以及缓解途径,最终经过研究发现正是由于村委会对外过度依赖基层政权且对内自治独立性不足才会导致农村基层冲突的产生。为了对基层冲突问题进行有效治理,村委会应通过人才引进、教育进村等措施提高自身的独立性,此外,镇政府应真正贯彻实行简政放权,为村民自治提供更多的成长空间,我国法律体系也应该加以完善,如此经过多方共同努力才能真正实现村民自治。