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目的:
调查2008年、2009年和2012年杭州市水环境细菌的分布及对临床常用抗生素的耐药性,并对喹诺酮耐药基因和β-内酰胺类抗生素耐药基因的流行情况和基因分布进行研究。
方法:
2008年、2009年和2012年从杭州十个不同的水域中分离细菌,同时从多家医院收集肠杆菌科临床分离菌株。2008年、2009年采用全自动细菌鉴定和药敏系统VITEK和BD-PHOENIX仪器法鉴定细菌,2012年采用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight MassSpectrometry, MALDI-TOF MS)鉴定细菌,琼脂稀释法测定临床常用抗生素对细菌的最低抑菌浓度(MIC)。ESBLs表型确证实验参照CLIS推荐的头孢噻肟(CTX)、头孢噻肟+克拉维酸(CD03)、头孢他啶(CAZ)、头孢他啶+克拉维酸(CD02)双纸片确证试验来筛选产ESBLs的环境分离菌株。PCR方法扩增和序列分析细菌中喹诺酮耐药基因qnrA、 qnrB、qnrS及aac(6)-Ib-cr基因以及β-内酰胺酶耐药基因TEM、SHV和CTX-M等。
结果:
2008年从水环境分离到78株革兰阴性杆菌(包括33株肠杆菌科细菌、21株气单胞菌属、10株不动杆菌属、10株假单胞菌属、2株产碱杆菌属和2株邻单胞菌属细菌)。2009年分离到98株革兰阴性杆菌(包括48株肠杆菌科细菌、28株气单胞菌属、13株不动杆菌属、4株假单胞菌属、1株Raoutella orhit、3株不能鉴定菌株)。2012年分离到495株74种细菌,其中肠杆菌科166株23种,气单胞菌属212株13种,假单胞菌属36株13种,不动杆菌属28株7种,希瓦菌属2株1种,革兰阳性菌41株16种。药敏结果显示在水环境分离菌株中对临床常用的氨基糖胺类、喹诺酮类和β-内酰胺类抗生素抗生素产生的耐药,其耐药率略低于临床分离菌株,在10%-40%之间。水环境分离10株弗劳地柠檬酸杆菌中有8株qnrB基因阳性(80.0%);9株大肠埃希菌中qnrS1和aac(6)-Ib-cr基因阳性各1株;1株斑点气单胞菌(Aeromonas punctata) qnrS2阳性。临床分离的103株弗劳地柠檬酸杆菌中,qnr基因检出75株(72.8%),其中qnrA1有3株(2.9%),qnrB有65株(63.1%),qnrS2有1株(1.0%),qnrA1合并qnrB阳性5株(4.8%),qnrS1合并qnrB阳性1株;aac(6)-Ib检出33株(32.0%),其中12株(11.6%)存在-cr变异体。qnrB的基因型以qnrB9、qnrB8和qnrB6为主。水环境分离大肠埃希菌菌株ESBLs的检出率为12.5%,其他肠杆菌科细菌均未检到。在大肠埃希菌中检出的是2株CTX-M-14,未扩增到TEM和SHV基因型。
结论:
杭州市2008年、2009年和2012水环境细菌分离相似,以肠杆菌科细菌和气单胞菌为主。2012年使用MALDI-TOF MS快速鉴定细菌检出种类远高于2008年和2009年。MALDI-TOF MS是一种高效、低成本、高通量的鉴定细菌有效工具。水环境分离细菌存在一定的耐药性,但略低于临床分离的细菌。
首次在欧洲以外地区分离到携带qnrS2基因的气单胞菌属细菌。水环境及临床分离的弗劳地柠檬酸杆菌中qnrB基因的携带率非常高,后者同时有较高的aac(6)-Ib-cr携带率。弗劳地柠檬酸杆菌中qnrB基因的亚型以qnrB9、qnrB8和qnrB6最为常见。
水环境分离的菌株以携带CTX-M-14型超广谱β-内酰胺酶为主,本次研究未发现携带TEM和SHV基因的菌株。